Page 169 - 《水产学报》2025年第11期

杨锦毅，等 水产学报, 2025, 49(11): 119314

表 3 5 个 eDNA 宏条形码在不同种间差异阈值下对长江鱼类无法识别的属的情况
Tab. 3 Unrecognized genus by 5 commonly used eDNA metabarcoding under
different thresholds of Yangtze River fish
引物 种间差异阈值为0.03时属内物种均不能被识别的属
primer code unrecognized genus by 5 commonly used eDNA metabarcoding under the threshold of 0.03
2)
2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
12S-AcDBM07 鲟属、鳗鲡属、鲚属 、金沙鳅属 、华吸鳅属 、原缨口鳅属、薄鳅属、副沙鳅属、副鳅属 、沙鳅属 、近红鲌属 、
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
孟加拉国鲮属、铜鱼属、鲌属 、鲤属 、䱻属 、鲂属 、小鳔鮈属 、片唇鮈属、叶须鱼属 、吻鮈属、鳈属、裸裂
1,2)
尻鱼属 、裂腹鱼属 、华鳊属 、金线鲃属、鲴属 、异鳔鳅鮀属、鲻虾虎鱼属 、鮻属、新银鱼属 、鳜属、䱀属、
1,2)
2)
1,2)
1,2)
2)
鮠属 、拟鲿属、纹胸鮡属 、东方鲀属 1,2)
1,2)
1,2)
2)
1,2)
2)
2)
1,2)
Acipenser, Anguilla, Coilia , Jinshaia , Sinogastromyzon , Vanmanenia, Leptobotia, Parabotia, Paracobitis , Sinibotia ,
1,2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
Ancherythroculter , Bangana, Coreius, Culter , Cyprinus , Hemibarbus , Megalobrama , Microphysogobio ,
2)
1,2)
1,2)
1,2)
Platysmacheilus, Ptychobarbus , Rhinogobio, Sarcocheilichthys, Schizopygopsis , Schizothorax , Sinibrama ,
1,2)
1,2)
2)
1,2)
Sinocyclocheilus, Xenocypris , Xenophysogobio, Mugilogobius , Liza, Neosalanx , Siniperca, Liobagrus, Leiocassis ,
1,2)
Pseudobagrus, Glyptothorax , Takifugu 1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
1,2)
2)
1,2)
2)
2)
12S-Mifish-U 鳗鲡属 、金沙鳅属 、华吸鳅属 、薄鳅属、副沙鳅属 、沙鳅属 、近红鲌属 、鲌属、鲤属 、䱻属 、鲂属 、小鳔
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
鮈属 、叶须鱼属 、裸裂尻鱼属、裂腹鱼属 、华鳊属、银鮈属 、鲴属 、鮻属 、新银鱼属 、鳜属、鮠属 、拟
2)
2)
1,2)
1,2)
鲿属、纹胸鮡属 、东方鲀属 2
2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
Anguilla , Jinshaia , Sinogastromyzon , Leptobotia, Parabotia , Sinibotia , Ancherythroculter , Culter, Cyprinus ,
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
Hemibarbus , Megalobrama , Microphysogobio , Ptychobarbus , Schizopygopsis, Schizothorax , Sinibrama, Squalidus 2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
, Xenocypris , Liza , Neosalanx , Siniperca, Leiocassis , Pseudobagrus, Glyptothorax , Takifugu 2)
1,2)
1,2)
2)
2)
2)
1,2)
1,2)
2)
2)
12S-Tele02 鳗鲡属 、金沙鳅属 、华吸鳅属 、薄鳅属、副沙鳅属 、沙鳅属 、近红鲌属 、鲌属、鲤属 、䱻属 、鲂属 、小鳔
鮈属 、叶须鱼属 、裸裂尻鱼属、裂腹鱼属 、华鳊属、银鮈属 、鲴属 、鮻属 、新银鱼属 、鳜属 、鮠属 、拟鲿
1)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
2)
1,2)
2)
2)
属、纹胸鮡属 、东方鲀属 2)
1,2)
2)
2)
2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
Anguilla , Jinshaia , Sinogastromyzon , Leptobotia, Parabotia , Sinibotia , Ancherythroculter , Culter, Cyprinus ,
1,2)
1,2)
2)
2)
2)
1,2)
Hemibarbus , Megalobrama , Microphysogobio , Ptychobarbus , Schizopygopsis, Schizothorax , Sinibrama, Squalidus ,
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1)
2)
Xenocypris , Liza , Neosalanx , Siniperca , Leiocassis , Pseudobagrus, Glyptothorax , Takifugu 2)
2)
1,2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
16S-Ac16s 鲟属 、鳗鲡属、鲚属、金沙鳅属 、华吸鳅属 、薄鳅属、副沙鳅属、沙鳅属 、近红鲌属 、鲌属 、鲤属 、䱻属 、
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
2)
1,2)
鲂属 、小鳔鮈属 、叶须鱼属 、吻鮈属、裸裂尻鱼属 、裂腹鱼属 、华鳊属 、鲴属 、鮻属 、新银鱼属 、鳜
1,2)
属 、䱀属 、鮠属 、黄颡鱼属 、鲇属 、纹胸鮡属 、东方鲀属 1,2)
1,2)
2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
1,2)
Acipenser , Anguilla, Coilia, Jinshaia , Sinogastromyzon , Leptobotia, Parabotia, Sinibotia , Ancherythroculter , Culter 2)
1,2)
1,2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
, Cyprinus , Hemibarbus , Megalobrama , Microphysogobio , Ptychobarbus , Rhinogobio, Schizopygopsis ,
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
2)
1,2)
1,2)
1,2)
Schizothorax , Sinibrama , Xenocypris , Liza , Neosalanx , Siniperca , Liobagrus , Leiocassis , Pelteobagrus ,
2)
1,2)
Silurus , Glyptothorax , Takifugu 1,2)
1,2)
2)
1,2)
2)
2)
2)
COI-PS1 鲟属、金沙鳅属 、华吸鳅属、沙鳅属 、近红鲌属、鲌属、鲤属 、䱻属、鲂属 、小鳔鮈属 、叶须鱼属 、裸裂尻鱼
2)
2)
属 、裂腹鱼属 、新银鱼属 、鳜属 、䱀属、鮠属 、纹胸鮡属、东方鲀属
1,2)
1,2)
1,2)
1,2)
2)
1,2)
2)
Acipenser, Jinshaia , Sinogastromyzon, Sinibotia , Ancherythroculter, Culter, Cyprinus , Hemibarbus, Megalobrama ,
1,2)
2)
2)
2)
2)
1,2)
1,2)
Microphysogobio , Ptychobarbus , Schizopygopsis , Schizothorax , Neosalanx , Siniperca , Liobagrus, Leiocassis ,
Glyptothorax, Takifugu
注：1)此属内的种在种间差异阈值为0.01时均不能被识别到种，2)此属内的种在种间差异阈值为0.02时均不能被识别到种。
Notes: 1) species within this genus are not identifiable at an interspecific distance threshold of 0.01, 2) species within this genus are not identifiable at an
interspecific distance threshold of 0.02.
银鱼属、鮠属 (表 3)。 位点几乎相同，以至于可识别物种重叠程度高，
同 为 12S 基 因 中 的 AcMDB07 片 段 位 点 与
2.3 不同 eDNA 片段物种识别重叠度
Tele02 和 Mifish-U 均不重叠，虽然同为 12S 基
对 5 个常用 eDNA 片段可识别物种重叠程 因的片段，但其对物种的分类能力仍有差异。
度进行统计，为片段组合应用提供参考。图 2~
2.4 多 eDNA 片段联合分析
图 4 为不同阈值下各片段共同可识别的物种数
量。其中，Tele02 与 Mifish-U 可识别物种的重 基于布尔矩阵形式分析 5 个 eDNA 片段的
合度较其他组合高，在种间差异阈值为 0.03、 识别能力见图 5~图 7，种间差异阈值设置为
0.02 和 0.01 时分别为 98.54%、100%、91.11%。 0.03、0.02 和 0.01 时，各组合方式可识别覆盖
阈值为 0.03 时，识别物种重叠度最小的是 PS1 的物种数量。
与 AcDBM07，为 54.0%。在种间差异阈值为 5 个 eDNA 片段两两联合成 10 种组合方式，
0.02 时 ， 识 别 物 种 重 叠 度 最 小 的 是 PS1 与 显示 3 个 12S RNA 片段间及其 16S RNA 片段间
AcDBM07，为 70.9%。在种间差异阈值为 0.01 的组合，可识别的物种数量差异不大，其中阈
时，识别物种重叠度最小的是 PS1 与 Mifish-U， 值为 0.03 时，可识别 137~151 种，提高 0.0%~
为 71.5%。12S 基因中 Tele02 与 Mifish-U 片段 51.0%；种内差异阈值为 0.02 时，可识别 168~
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