Page 167 - 《水产学报》2025年第11期
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杨锦毅，等                                                                水产学报, 2025, 49(11): 119314


                                         表 1    本研究中  5  个鱼类  eDNA 宏条形码片段信息
                               Tab. 1    Introduction of 5 fish eDNA metabarcoding fragments in this study
               目标基因     引物名称                             引物序列                   扩增子长度/bp 退火温度/℃ 参考文献
               target gene primer code               primer sequence (5'-3')    amplicon size  T a  references
                 12S   AcMDB07  AcMDB07-F GCCTATATACCGCCGTCG                       300        60      [25]
                               AcMDB07-R GTACACTTACCATGTTACGACTT
                 12S   Mifish-U  Mifish-U-F  GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC                 170        60      [20]
                               Mifish-U-R  CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG
                 12S   Tele02  Tele02-F  AAACTCGTGCCAGCCACC                        167        63      [26]
                               Tele02-R  GGGTATCTAATCCCAGTTTG
                 16S   Ac16s   Ac16s-F   CCTTTTGCATCATGATTTAGC                     330        63      [27]
                               Ac16s-R   CAGGTGGCTGCTTTTAGGC
                 COI   PS1     PS1-F     ACCTGCCTGCCGTATTTGGYGCYTGRGCCGGRATAGT     247        52      [28]
                               PS1-R     ACGCCACCGAGCCARAARCTYATRTTRTTYATTCG

              层次聚类，生成层次聚类树状图。                                  0.580 9。其中   PS1  遗传距离范围较窄，其他              4
                   将遗传距离小于阈值视为无法识别，对聚                          个片段的科间遗传距离范围相近。
              类结果以     [0,1] 进行统计，形成识别情况的布尔                        属间遗传距离范围为            0~0.641 6，5  个片段
              矩阵，计算      5  种  eDNA  片段对长江鱼类的识别率。              均有属间距离为         0  的情况；最大的是        Tele02  片
                                                               段的缟虾虎鱼属         (Tridentiger) 和白鲟属   (Pseph-
               1.3    多片段组合识别分析
                                                               urus) 之间，为    0.641 6。其中   PS1  遗传距离范围
                   对布尔矩阵形式的识别情况表在“R4.3.0”               [32]   较窄，其他      4  个片段的属间遗传距离范围相近。
              语言中使用“ComplexUpset 1.3.5”      [33]  软件包绘制           种间遗传距离范围为            0~0.675 3，5  个片段
              Upset 图，使用“inclusive_intersection”模式。统           均有种间距离为         0  的情况；最大的为        Tele02  片
              计不同    eDNA  宏条形码共同可识别的物种数量，                     段 的 拉 氏 狼 牙 虾 虎 鱼      (Odontamblyopus  lace-
              参考   Jaccard  相似系数   [34]  计算  5  个  eDNA  片段识   pedii) 和 贝 氏 䱗 (Hemiculter  bleekeri) 之 间 ， 为
              别物种的重叠度。Jaccard         相似系数：                    0.675 3。其中   PS1  遗传距离范围较窄，其他              4
                                                               个片段的种间遗传距离范围相近。
                   J(A,B) = |A∩ B|/|A∪ B|×100%
              式中，A、B      分别为    2  个不同   eDNA  宏条形码可           2.2    不同阈值下长江鱼类识别情况
              识别物种集合。                                              以遗传距离为        0.01、0.02  和  0.03  的阈值对
                   对  [0,1] 形式的识别情况表在           R4.3.0  中使     长江鱼类种间识别情况进行分析，显示                     5  个片
              用  ComplexUpset1.3.5  软件包绘制     Upset 图，使        段在不同阈值下呈现不同的物种识别率                   (表  2)。
              用“inclusive_union”模式。统计       2~5  种条形码组             对不同阈值下种间不能被识别的属进行统
              合可识别的物种数。                                        计  (排除仅收集到       1  个物种的属)，结果见表           3。
                                                               分 析 遗 传 距 离 为     0.03  的 种 间 差 异 阈 值 时 ，
               2    结果
                                                               AcMDB07  能够将    100  个物种识别到种，识别率
                                                               为  31.25%。Mifish-U  可将  135  个物种识别到种，
               2.1    遗传距离
                                                               识别率为     42.19%。Tele02  可将   137  个物种识别
                   长江鱼类     5  个片段的科间、属间、种间遗                   到种，识别率为         42.81%。Ac16s 可将     132  个物
              传距离见图       1。科间遗传距离范围为              0.039 4~    种识别到种，识别率为             41.25%。PS1   可将   171
              0.580  9， 最 小 的 是    AcMDB07   片 段 的 鲟 科         个识别到种，识别率为            53.44%。5   种片段均不
              (Acipenseridae) 和匙吻鲟科    (Polyodontidae) 之间，     能识别的属有       17  个，分别为金沙鳅属、华吸鳅
              为  0.039  4； 最 大 的 是   Ac16S  片 段 的 舌 鳎 科        属、沙鳅属、近红鲌属、鲌属、鲤属、䱻属、
              (Cynoglossidae) 和 鲱 科  (Clupeidae) 之 间 ， 为       鲂属、小鳔鮈属、叶须鱼属、裸裂尻鱼属、裂

              中国水产学会主办  sponsored by China Society of Fisheries                          https://www.china-fishery.cn
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