Page 165 - 《水产学报》2025年第11期

2025, 49(11): 119314 JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA

DOI: 10.11964/jfc.20231014198

5 个常用环境 DNA 片段对长江鱼类的识别率

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杨锦毅 1,2,3 ， 晏铭英 ， 高 雷 ， 段辛斌 ， 刘明典 ， 陈大庆 ， 第一作者：杨锦毅，从事鱼类种质资
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源 调 查 与 评 估 等 研 究 ， E-mail：
汪登强 1* 525685399@qq.com

1. 中国水产科学研究院长江水产研究所，国家农业科学重庆观测实验站，农业农
村部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站，湖北 武汉 430223；2. 上海海洋
大学，水产科学国家级实验教学示范中心，上海 201306；3. 孝感市农业科学院，
湖北 孝感 432000

摘要：
【目的】为使水体中环境 DNA (eDNA) 在长江流域鱼类物种多样性研

究中有更高的可参考性。 通信作者：汪登强，研究员，从事鱼
【方法】参考《长江鱼类名录》从公共数据库 mitofish 与 NCBI 中下载 类种质资源调查与评估、保护遗传学、
生态修复等研究，发表论文一百多篇，
了 320 种长江鱼类 DNA 序列，从中截取了 3 种基因片段 (12S RNA、 获国家科技奖励 1 项，E-mail：wdq@
yfi.ac.cn
16S RNA、COI) 中的 5 种常用 eDNA 宏条形码 (12S-AcDBM07、12S-
Mifish-U、12S-Tele02、16S-Ac16s、COI-PS1) 进行遗传距离计算，在
不同种间差异阈值 (0.03、0.02、0.01) 下进行比对分析。得到不同种间
差异阈值下常用 eDNA 宏条形码对长江鱼类的识别情况，探讨 eDNA
宏条形码在长江鱼类多样性研究中的应用条件。
【结果】在种间差异阈值为 0.03、0.02、0.01 时，分别有 137、108、
56 种鱼类无法通过本研究中选择的 5 种常用 eDNA 宏条形码识别；其

中蛋白质编码基因 (COI-PS1) 对鱼类的识别率最高，在不同种间差异 资助项目：国家重点研发计划项目
(2022YFC3202001)；国家自然科学基
阈值 (0.03、0.02、0.01) 下分别达到 53.44%、60.63%、72.50%；12S- 金委员会-中华人民共和国水利部-中国
长江三峡集团有限公司长江水科学研
Tele02 与 12S-Mifish-U 对长江鱼类识别种类上的重叠度最大，在不同 究联合基金项目(U2240214)；中国水
种间差异阈值 (0.03、0.02、0.01) 下，重叠度分别达到 98.54%、100%、 产科学研究院中央级公益性科研院所
基本科研业务费专项 (2023TD09)
91.11%。当选择 2 种 eDNA 宏条形码组合识别鱼类时，“12S-Tele02”
收稿日期：2023-10-24
&“COI-PS1”的组合在 0.03、0.02 和 0.01 的种间差异阈值下均识别了最 修回日期：2024-01-11

多的种类，分别为 180、206、257 种，与同时使用 5 种 eDNA宏条形 文章编号：
码的组合相比分别相差 3、6、7 种。 1000-0615(2025)11-119314-12
中图分类号：S 932.4
【结论】将 eDNA 技术应用于长江鱼类多样性研究中需要充分考虑种 文献标志码：A

间差异阈值的选择与近缘物种识别的关系，以防止 OTU 注释出现假 作者声明本文无利益冲突

阳性情况。在利用 eDNA 技术进行物种多样性监测时对于难以识别但 © 《水产学报》编辑部(CC BY-NC-ND 4.0)
保护价值较高的物种，可以有针对性地设计引物进行监测。本研究将 Copyright © Editorial Office of Journal of
Fisheries of China (CC BY-NC-ND 4.0)
为后期基于 eDNA 宏条形码技术的长江鱼类多样性调查以及相关研究
提供基础参考资料。
关键词: 鱼类；环境 DNA；宏条形码；种间差异阈值；长江

中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
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