Page 173 - 《水产学报》2025年第11期

杨锦毅，等 水产学报, 2025, 49(11): 119314

别率，目前国外不少研究已采用两个或两个以 [ 3 ] Balasingham K D, Walter R P, Mandrak N E, et al. Environ-
上片段开展研究 [37-40] 。研究表明，采用 2 个或 2 mental DNA detection of rare and invasive fish species in two
个以上片段能够有效增加物种识别数量(图 5~ Great Lakes tributaries[J]. Molecular Ecology, 2018, 27(1): 112-
图 7)，理论上，增加位点越多，物种识别率越 127.
高，最终识别出研究区域的所有物种，但实际 [ 4 ] Thomsen P F, Kielgast J, Iversen L L, et al. Monitoring
工作中需要考虑识别效率与研究成本问题。针
endangered freshwater biodiversity using environmental
对长江鱼类而言，联合使用“Tele02” & “PS1”时
DNA[J]. Molecular Ecology, 2012, 21(11): 2565-2573.
的可识别物种数量相比单一的 Tele02 或 PS1 增
[ 5 ] Aglieri G, Baillie C, Mariani S, et al. Environmental DNA
加有限，在种间差异阈值为 0.03、0.02 和 0.01
effectively captures functional diversity of coastal fish com-
时分别为 43、38、34 和 9、12、25，进一步增
munities[J]. Molecular Ecology, 2021, 30(13): 3127-3139.
加位点，虽然也能再增加识别的种类数，但相
[ 6 ] Zhang S, Zheng Y T, Zhan A B, et al. Environmental DNA
对费用的增加，所得结果不成正比。研究表明，
captures native and non-native fish community variations across
rRNA 基因片段的组合对识别的种类数的增加
the lentic and lotic systems of a megacity[J]. Science Advances,
作用很有限，因为这些片段间物种识别重复度较高
2022, 8(6): eabk0097.
(图 2~图 4)。因此在进行位点联合分析时，优
[ 7 ] Antognazza C M, Britton J R, Potter C, et al. Environmental
先考虑选择具有不同进化特征的片段进行组合。
DNA as a non‐invasive sampling tool to detect the spawning
3.3 展望
distribution of European anadromous shads (Alosa spp. )[J].
长江重点水域实施十年禁捕后，长江的鱼 Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems,
类多样性与 eDNA 监测技术受到了越来越多的 2019, 29(1): 148-152.
关注，但实际应用中仍存在许多问题，如位点 [ 8 ] Stoeckle M Y, Adolf J, Charlop-Powers Z, et al. Trawl and

的识别率、OTU 注释等。基于本研究结果，建
eDNA assessment of marine fish diversity, seasonality, and rel-
议 eDNA 监测技术在应用于长江鱼类多样性监
ative abundance in coastal New Jersey, USA[J]. ICES Journal
测时，首先要建立长江全流域以及各生境类型
of Marine Science, 2021, 78(1): 293-304.
鱼类 eDNA 数据库，着重分析区域鱼类潜在的
[ 9 ] Shen M, Xiao N W, Zhao Z Y, et al. eDNA metabarcoding as a
eDNA 片段的种间差异阈值，为物种注释提供可
promising conservation tool to monitor fish diversity in Beijing
靠依据。由于长江中外来物种较多 [24, 41] ，eDNA
water systems compared with ground cages[J]. Scientific
数据库建设需要涵盖外来物种。其次，当前常
Reports, 2022, 12(1): 11113.
用的 eDNA 片段还不能满足长江所有鱼类达到
种水平鉴定，在解读 eDNA 鱼类种类的数据时， [10] Sales N G, Wangensteen O S, Carvalho D C, et al. Space-time
除了物种级别的生态学意义，也应当重视分析 dynamics in monitoring neotropical fish communities using
属水平的生态学意义。再者，鼓励优化适合长 eDNA metabarcoding[J]. Science of the Total Environment,
江鱼类 eDNA 扩增的引物 ，并开发适合识别 2021, 754: 142096.
[42]
长江鱼类各分类阶元的新位点、新引物。 [11] Li C W, Long H, Yang S L, et al. eDNA assessment of pelagic
fish diversity, distribution, and abundance in the central Pacific
参考文献 (References)： Ocean[J]. Regional Studies in Marine Science, 2022, 56:
[ 1 ] Bohmann K, Evans A, Gilbert M T P, et al. Environmental 102661.
DNA for wildlife biology and biodiversity monitoring[J]. [12] He W L, Xu D P, Liang Y D, et al. Using eDNA to assess the
Trends in Ecology & Evolution, 2014, 29(6): 358-367. fish diversity and spatial characteristics in the Changjiang River-
[ 2 ] 姜维, 赵虎, 邓捷, 等. 环境 DNA 分析技术——一种水生生物 Shijiu Lake connected system[J]. Ecological Indicators, 2022,
调查新方法 [J]. 水生态学杂志, 2016, 37(5): 1-7. 139: 108968.
Jiang W, Zhao H, Deng J, et al. Detection of aquatic species [13] 王梦, 杨鑫, 王维, 等. 基于 eDNA 技术的长江上游珍稀特有
using environmental DNA[J]. Journal of Hydroecology, 2016, 鱼类国家级自然保护区重庆段鱼类多样性研究 [J]. 水生生
37(5): 1-7 (in Chinese). 物学报, 2022, 46(1): 2-16.

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