Page 224 - 《水产学报》2023年第1期

刘绵宇，等 水产学报, 2023, 47(1): 019417

表 2 凡纳滨对虾 3 个群体的遗传多样性参数 EE 群体
EE population
40
Tab. 2 Genetic diversity parameters in
20
three populations of L. vannamei
0
观测杂合度 期望杂合度 多态信息含量 0 0.25 0.50 0.75 1.00
群体
population observed expected polymorphic
heterozygosity heterozygosity information content PP 群体
PP population
PP群体 0.29 a 0.29 a 0.23 a 15
频数 frequency 10
EE群体 0.27 0.26 0.21 5
b
b
b
SS群体 0.25 c 0.25 c 0.20 c 0
0 0.25 0.50 0.75 1.00
注：同一列不同字母表示经统计检验后群体间差异达到极显著水平
(P < 0.01)。 SS 群体
Notes: The letters mean significant difference (P < 0.01) SS population
8
4 0 0 0.25 亲缘系数 0.75 1.00
0.50
0.4
基因组近交系数 genomic inbreeding coefficient 0.2 图 6 凡纳滨对虾 relatedness coefficient
个群体的基因组亲缘关系
3
矩阵非对角线元素分布
Fig. 6 Histograms of off-diagonal relatedness
0
coefficient in genomic relationship matrix of
three populations in L. vannamei
提高基础群体的遗传多样性。此外，基因组近交
EE PP SS
群体 系数分析结果表明，PP 与 SS 群体内部分个体表
population 现出较高的近交水平。因此在构建下一代家系时，
图 5 凡纳滨对虾 3 个群体的基因组近交系数箱形图 应根据基因组亲缘关系矩阵设计优化方案，避免
Fig. 5 Box plots of genomic inbreeding coefficients in 后代的近交水平进一步提升。
three populations of L. vannamei
在育种过程中，获得准确的遗传力估计值是
果；2 个选育群体的 PIC 值为 0.134 1 和 0.151 3， 制定育种规划、预测育种值和选择反应的前提条
低于本研究结果。Garcia 等 [13] 利用 50K SNP 芯片 件 。当基础群体由遗传和表型性能差异较大的
[27]
对来自厄瓜多尔的一个凡纳滨对虾育种群体的 96 奠基者群体组成时，需要在分析模型中考虑 UPG
[28]
尾个体进行基因型鉴定，获得群体的 H 范围 效应，避免遗传力估计值出现较大偏差 。本研
o
0.349 6~0.404 1，高于本研究结果。究其原因，厄 究表明，使用 ssGBLUP-MF 模型获得的 Vp AHPND
瓜多尔育种群体平均每个世代构建的家系数量约 侵染后存活状态的遗传力估计值 (0.24±0.07) 高于
为 140 个，有效群体大小为 86，而本研究中进行 使用 pBLUP-GG 模型获得的估计值 (0.20±0.06)，
基因型鉴定个体的来源家系数量仅为 31 个，从而 且均表现为中等遗传力，每代选择预期可获得较
导致群体的遗传多样性处于较低水平。因此，下 高的遗传增益。与基于 A 矩阵的 pBLUP-GG 模型
一步需要继续引入新的种质资源群体，扩大家系， 相比，在 ssGBLUP 模型中利用基因组信息构建包

表 3 基于不同模型估计凡纳滨对虾基础群体存活状态的方差组分和遗传力
Tab. 3 Variance components and heritability of survival state of L. vannamei obtained using two models
模型 2 2 2 2 2
model ¾ p 4¾ s ¾ e h u h p
pBLUP-GG 1.19±0.07 0.38±0.14 1.00 0.32±0.10 0.20±0.06
ssGBLUP-MF 1.23±0.09 0.47±0.17 1.00 0.38±0.11 0.24±0.07

注： ¾ p . 表型方差； 4¾ a . 加性遗传方差； ¾ e . 残差方差； h u . 转换前的遗传力； h p . 转换后的遗传力
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
Notes: ¾ p . phenotypic variance; 4¾ a . additive genetic variance; ¾ e . residual variance; h u . heritability on the underlying liability scale; h p . heritability on
the observed scale
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