Page 48 - 《中国药科大学学报》2026年第1期

42 学报 Journal of China Pharmaceutical University 2026, 57(1): 34 − 45 第 57 卷

A B

Arg168 Glu191 Arg168 Glu191
His192 His192
Arg105 Arg105
Asp140 Asp140

Thr247
Thr247
Compound 8 Ile141 Compound 14 Ile141
Pro138
Pro138
NADH NADH
C D Arg168
Arg168 Glu191 Glu191
His192 Arg105 His192 Arg105
Asp140 Asp140

Thr247 Thr247
Compound 15 Compound 16
Pro138 Ile141 Pro138 Ile141
NADH NADH
Figure 3 Binding mode analysis with LDHA (PDB: 6Q13)
A: Binding mode analysis of compound 8 with LDHA; B: Binding mode analysis of compound 14 with LDHA; C: Binding mode analysis of
compound 15 with LDHA; D: Binding mode analysis of compound 16 with LDHA
代的化合物 24 的抑制活性与甲基取代的化合物 LDHA 抑制活性中的作用，使用 GROMACS 包（版
21 相似。磺酰氨基取代的化合物 25 有最好的抑制 本 2019.6）对先导物 4 和化合物 25 进行 100 ns 的
活性，IC = 1.59 μmol/L，是目前抑制活性最好的化 MD 模拟。结果显示，在 0~100 ns 的过程中，先导
50
合物。另外，相较于脲类化合物 16，抑制活性提升 物 4 的 RMSD 稳定在 0.1 nm，LDHA 的 RMSD 在
一个数量级，说明以刚性骨架为连接链的化合物更 50 ns 后趋于稳定，约为 0.5 nm（图 5-A、图 5-B）。
有利于与 LDHA 蛋白的结合，使得抑制活性提升。 随后，利用 MM-PBSA 方法计算了先导物 4 与 LDHA
为了进一步探究该类化合物的构效关系，将活 的 结 合 自 由 能 ， 结 合 自 由 能 范 围 为 –（ 68.277 ±
性最好的化合物 25 进行分子对接与先导化合物 4 10.150） kJ/mol。通过对 LDHA 蛋白每个氨基酸残
对比分析（图 4），结果可以看出化合物 25 噻唑甲酸 基的结合能进行分解，可以看出关键残基 Arg168、
与 Arg168、Thr247 残基形成的氢键相互作用得以 His192 和 Thr247 与先导物 4 的相互作用对结合能
保留，苯环对位的磺酰胺分别与 Asp140，Ile141 和 有显著的贡献（图 5-C），这表明这些残基对实现
Glu191 残基形成稳定的氢键相互作用，从而抑制活 LDHA 高抑制活性是至关重要的，也进一步验证了
性优于其他化合物。然而，化合物 25 的抑制活性 先导物 4 的噻唑甲酸是重要的药效团。
低于先导化合物 4，这可能是由于原吡啶环上两个 在 0~100 ns 的 MD 过程中，化合物 25 的 RMSD
取代基的去除，削弱了化合物与 LDHA 活性位点的 稳定在 0.1 nm，LDHA 的 RMSD 在 20 ns 后趋于稳
结合能力。 定，约为 0.5 nm。利用 MM-PBSA 方法计算了化合
物 25 与 LDHA 的结合自由能，结合自由能范围为
4 分子动力学模拟
–（55.316 ± 12.135） kJ/mol。结果显示关键残基
为了进一步阐明化合物 25 对 LDHA 的抑制 Arg168、His192 和 Thr247 与化合物 25 的相互作用
活性，研究三氮唑连接的噻唑甲酸和磺酰胺基团在 对结合能有显著的贡献（图 5-D），但是，残基 Arg168