Page 108 - 《水产学报》2025年第11期

夏宁，等 水产学报, 2025, 49(11): 119409

定量结果采用 Mann-Whitney 检验与 T-test 检验 刺激下巨噬细胞脂质代谢的调控，首先对对照
进行统计学分析，将满足 P value (P) ≤ 0.05, FC 组与刺激组巨噬细胞泛素化差异蛋白进行鉴定。

≥ 2.0 或 FC ≤ 0.50 的蛋白定义为差异表达蛋白， 当 FC ≥ 2.0，同时 P ≤ 0.05 时，筛选上调表达
FC 表示差异倍数 (Fold Change)。对蛋白质差异 蛋白。当 FC ≤ 0.50，同时 P ≤ 0.05 时，筛选
倍数以 2 为底取对数，并将 P value 值以 10 为 下调表达蛋白。结果显示，与 PBS 对照组相比，
底取对数的绝对值，做出火山图。使用 Inter- poly(I:C) 刺激后巨噬细胞中共鉴定到 224 个差
proscan 软件进行 GO 功能注释，KEGG 对鉴定 异泛素化蛋白，其中有 136 个蛋白表达显著下
到的蛋白质进行功能蛋白家族及通路分析。根 调，88 个蛋白出现显著上调 (图 1-a)。基于生物
据 GO 功能与 KEGG 通路富集结果，筛选脂质 过程 (BP)、细胞组成 (CC) 和分子功能 (MF) 对
代谢相关的通路与对应通路上的脂质代谢相关 鉴定的泛素化差异蛋白进行 GO 功能富集，以
蛋白，搜索其相应修饰位点并统计。 P ≤ 0.05 为阈值。结果显示，泛素化水平存在
差异的蛋白质主要涉及生物过程和分子功能，
2 结果
参与类异戊二烯生物合成、脂质代谢等过程
(图 1-b)。对 PBS 对照组和 poly(I:C) 刺激组泛素
2.1 测序数据质控与质谱鉴定 化差异蛋白进行 KEGG 通路富集，结果发现，

基于液相色谱-串联质谱联用 (LC-MS/MS) 差异泛素化蛋白主要参与不饱和脂肪酸生物合
蛋白组学技术，泛素化质谱检测到对照组与刺 成、脂肪的消化和吸收等 (图 1-c)。在泛素化差
激组共 130 995 张谱图，与理论二级谱图匹配 异蛋白中，通过 GO 富集与 KEGG 通路富集共
的有效谱图数为 45 463，图谱解析后共 6 100 个 筛选出 8 条与脂质代谢相关的通路，共计 15 个
泛素化修饰后的肽段，5 650 个泛素化修饰位点 差异蛋白 (表 3)。其中脂质代谢途径中 ACOX1、
与 2 080 个泛素化修饰蛋白。磷酸化质谱检测 HADHA、HMGCS 与 FPS 蛋白表达下调，CPLA2
中对照组与刺激组共 128 893 张图谱，与理论 与 DAGLα 蛋白表达上调；细胞脂质代谢途径
二级谱图匹配的有效谱图数为 16 683，图谱解 中下调蛋白与脂质代谢过程一致，上调蛋白仅
析后共 2 423 个磷酸化修饰后的肽段，2 406 个 有 cPLA2；脂肪酸代谢途径包括两种下调蛋白
磷酸化修饰位点与 1 415 个磷酸化修饰蛋白。 (ACOX1 与 HADHA)；不饱和脂肪酸代谢途径
糖基化质谱检测的结果显示，对照组与刺激组 中下调蛋白同样有 ACOX1 与 HADHA，两种上
共 3 182 个 N-糖基化修饰肽段、1 215 个 O-糖 调蛋白为 VLCAR 与 ACAA1；脂肪消化吸收途
基化肽段、597 个 N-糖基化修饰位点、340 个 径中有 2 种上调蛋白，包括 m-AST 与 ABCA1；
O-糖基化位点、371 个 N-糖基化修饰蛋白和 甘油磷脂代谢途径中 APT 与 LPCAT 蛋白表达
243 个 O-糖基化修饰蛋白 (表 2)。 下调，而 CPLA2、DGKz 与 PLD1 这 3 种蛋白
表达上调；脂肪酸代谢途径中 FAS、ACOX1
表 2 修饰肽段、位点与蛋白鉴定总览 与 HADHA 这 3 种蛋白表达下调，VLCAR 与

Tab. 2 Overview of modified peptide segments, sites, ACAA1 2 种蛋白表达上调；α-亚麻酸代谢途径
and protein identification 中 ACOX1 蛋白表达下调，CPLA2 与 ACAA1 2
修饰类型 修饰肽段 修饰位点 修饰蛋白 种蛋白表达上调。在 KEGG 与 GO 富集通路中，
modification type modified peptide modified site modified protein
脂质代谢通路存在显著富集。脂质代谢过程与
泛素化 6 100 5 650 2 080
ubiquitylation 细胞脂质代谢过程分别位列 GO 富集通路的第
磷酸化 2 423 2 406 1 415 2 和第 3 富集条目。同样的，在 KEGG 通路富
phosphorylation
集中，不饱和脂肪酸生物合成通路与脂肪消化
N-糖基化 3 182 597 371
n-glycosylation 吸收通路占据富集通路的前 2 位。综上表明，
O糖基化 1 215 340 243 蛋白的泛素化修饰参与了 poly(I:C) 引起的巨噬
o-glycosylation
细胞脂质代谢变化过程，且参与程度较高。
2.2 泛素化修饰差异蛋白鉴定与表达分析 2.3 磷酸化修饰差异蛋白鉴定与表达分析

为了检测泛素化修饰是否参与了 poly(I:C) 为了检测磷酸化修饰是否参与了 poly(I:C)

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