Page 7 - 《渔业研究》2026年第3期

300 渔 业 研 究 第 48 卷

Fold change） 为 标 准 ， 通 过 DESeq2 软 件 筛 选 行功能分析（图 1） 。GO 功能分析显示，DEGs 在
DEGs，共鉴定到 42 693 个基因，筛选出 10 880 个 GO 富集中主要涉及生物过程（Biological process，
DEGs。与 LLMS 组相比，LBSMS 组有 6 286 个 DEGs BP） 、细胞成分（Cellular components，CC）和分
显著上调，4 594 个 DEGs 显著下调，其中选育系陆 子功能（Molecular function，MF）3 个方面，主要
封型马苏大麻哈鱼相较于非选育系促进卵子发生的 在生物过程和分子功能中显著富集。DEGs 在生物
相关基因促性腺激素（Gonadotropins，Gn） 、促性 过程中具有最多的基因数目，其中 RNA 结合富集
腺激素释放激素（Gonadotropin-releasing hormone， 了 最 多 的 DEGs（ 116 个 ） ， 其 次 是 翻 译 过 程
GnRH）和卵泡刺激素（Follicle stimulating hormone， （114 个）和肽生物合成过程（114 个） 。KEGG
FSH）表达上调，而抑制卵子发生相关基因促性腺 通路富集分析显示，DEGs 主要富集在核糖体、氧
激素抑制激素（Gonadotropin-inhibitory hormone， 化磷酸化、溶酶体、FoxO 信号通路、坏死性凋
GnIH）表达下调。通过对比两个组可以发现，表 亡、碳代谢、二羧酸代谢以及铁死亡等通路中。此
达上调基因数目高于表达下调基因数目，表明选育 外，图 2 绘制了两组 top 30（前 30 个显著富集通
后的马苏大麻哈鱼卵多数基因表达量升高。 路）的 GO 条目气泡图。相较于 LLMS 组，LBSMS
2.1.3 DEGs 的 GO 分析及 KEGG 分析 组的 DEGs 显著富集在核糖体结构组成部分、结构
为探索试验中发现的 DEGs 发挥的生物学功 分子活性、核糖体蛋白复合物、核糖体、肽代谢过
能，通过 GO 功能以及 KEGG 信号通路数据库进 程、肽生物合成过程以及翻译等 GO 条目。

a) PLS-DA 114114 29 29 29 29 25 25 25 116 112 b) OPLS-DA 卟啉代谢 Porphyrin metabolism

嘧啶代谢 Pyrimidine metabolism
4 78 88 25 79 叶酸生物合成 Folate biosynthesis 数量
类别 Category 氨基糖和核苷糖代谢 Amino sugar and nucleotide sugar metabolism Count
转化生长因子β信号通路 TGF-beta signaling pathway 50
生物过程 BP 戊糖和葡萄糖醛酸之间的相互转化 Pentose and glucuronate interconversions 100
柠檬酸盐循环（三羧酸循环）Citrate cycle (TCA cycle)
3
150
−log 10 (P adj ) 2 分子功能 MF C 型凝集素受体信号通路 C-type lectin receptor signaling pathway 校正后的 P 值
细胞成分 CC
Apelin信号通路 Apelin signaling pathway
P adj
辅因子生物合成 Biosynthesis of cofactors
1.00
凋亡性坏死 Necroptosis
碳代谢 Carbon metabolism 0.75
1 59 乙醛酸和双羧酸代谢过程 Glyoxylate and dicarboxylate metabolism 0.50
溶酶体 Lysosome 0.25
31 13 118 16 16 11
6 8 8 6 14 7 7 6 FoxO 信号通路 FoxO signaling pathway 0
0 2-氧羧酸代谢 2-Oxocarboxylic acid metabolism
动物自噬 Autophagy-animal
电压门控离子通道活性 Voltage-gated ion channel activity
三价铁结合 Ferric ion binding
钙依赖磷脂结合 Calcium-dependent phospholipid binding
核糖体结构组成成分 Structural constituent of ribosome
结构分子活性 Structural molecule activity
外肽酶活性 Exopeptidase activity
质子转运双亚基 ATP 酶复合物, 质子转运等 Proton-transporting two-sector ATPase complex, proton-transporting, etc
细胞金属离子稳态 Cellular metal ion homeostasis
多肽生物合成过程 Peptide biosynthetic process 多肽代谢过程 Peptide metabolic process 胶原蛋白三聚体 Collagen trimer 作用于NAD(P)H的氧化还原酶活性 Oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H 核糖体 Ribosome 0.01 0.02 0.03 0.04
铁离子结合 Iron ion binding
电压门控通道活性 Voltage-gated channel activity
RNA结合 RNA binding
氧化还原酶复合物 Oxidoreductase complex
细胞离子稳态 Cellular ion homeostasis
细胞过渡金属离子稳态 Cellular transition metal ion homeostasis
蛋白质乙酰转移酶复合物 Protein acetyltransferase complex
Cullin-RING泛素连接酶复合物 Cullin-RING ubiquitin ligase complex
细胞化学稳态 Cellular chemical homeostasis
翻译 Translation
细胞阳离子稳态 Cellular cation homeostasis
细胞铁离子稳态 Cellular iron ion homeostasis
铁离子稳态 Iron ion homeostasis
组蛋白乙酰转移酶复合物 Histone acetyltransferase complex
乙酰转移酶复合物 Acetyltransferase complex
泛素连接酶复合物 Ubiquitin ligase complex
核糖体 Ribosome
核糖核蛋白复合物 Ribonucleoprotein complex
铁死亡 Ferroptosis
氧化磷酸化 Oxidative phosphorylation
基因比率 Gene ratio
图 1 基于表达趋势的差异表达基因的功能富集分析
Fig. 1 Functional enrichment analysis of DEGs based on expression trends

2.2 代谢组学分析结果 2.2.2 DEMs 分析
2.2.1 多元统计分析 利用 PLS-DA 的 VIP 值和单变量分析中的 FC
LBSMS 组和 LLMS 组的卵粒组织 DEMs 数据 值 以 及 P-value 进 行 两 组 间 DEMs 分 析 ， 设 定
使 用 了 有 监 督 的 PLS-DA（ 图 3a） 和 OPLS-DA P<0.05 进行 DEMs 筛选（VIP 值>1.0） ，以两组
（图 3b） 。两种得分图均显示，各组代谢物在主成 中 FC 值≥1.5 和 FC 值≤0.667 分别筛选出上调和
分 1 方向上清晰分离，组内样本点聚集，而组间样本 下调代谢物。结果如图 4 所示，有 583 个 DEMs 注
点分散。如图 3c 显示，其 R Y=0.994，Q =0.951，表 释到 KEGG 数据库，与 LLMS 组对比，LBSMS 组
2
2
示模型未发生拟合，稳健可靠，也表明了 2 组样本 陆封型马苏大麻哈鱼卵中有 224 个 DEMs 显著上
之间的差异化。 调，359 个 DEMs 显著下调。鉴定到的 DEMs 被