Page 6 - 《渔业研究》2026年第3期

金笑延等： 基于转录组学和代谢组学分析选育系 F 5 代与非选育系马苏大麻哈鱼卵基因表达及
第 3 期 代谢物水平的差异 299

nex，美国）进行非靶代谢组液相色谱−质谱分析。 expressed metabolites，DEMs）注释到 KEGG 代谢
一级质谱参数：分辨率：70 000，自动增益控制目 通路上，根据 Pearson 相关性分析方法，并利用
标值：1e6，最大离子注入时间：50 ms，扫描范围： Cytoscape 软件选取前 30 个显著富集通路进行绘
150~1 500 m/z；二级质谱参数：分辨率：17 500， 图。选育和非选育的陆封型马苏大麻哈鱼卵中显著
自动增益控制目标值：1e5，最大离子注入时间： 富集的共同通路的相关性网络图由武汉影子基因科
50 ms，TopN 采集模式：选取前 10 个离子，归一化 技有限公司提供。

碰撞能量：10、30、55。使用 Progenesis QI 软件 表 1 色谱梯度洗脱程序
进行物质注释鉴定。通过武汉影子基因科技有限公 Tab. 1 Program of hplc gradient elution
司 Omicsmart 代谢组分析平台进行偏最小二乘判别 时间/min 流动相/% A 流动相/% B
Time Mobile phase A Mobile phase B
（ Partial least squares discriminant analysis， PLS-
0 98 2
DA）分析和正交−偏最小二乘判别（Orthogonal
1.0 98 2
partial least squares discriminant analysis， OPLS- 5.5 0 100
DA）分析后再进行不同组间的差异代谢物分析 14.0 0 100
[ 变量重要性投影（Variable importance projection， 14.1 98 2
16.0 98 2
VIP）≥1、T-test P<0.05]；数据的统计分析主要由

R 软件（4.0 版本）完成，代谢物的数据处理会经
2 结果
过数据过滤（样本缺少超过 80%，或质控样本缺失
率超过 50%） 、数据填补 [ 采用 K 近邻算法（K- 2.1 转录组学分析结果
nearest neighbors imputation，KNN）] 和数据标准 2.1.1 测序质量评估
化 [ 采用概率商归一化法（Probabilistic quotient 对获得的 raw reads 利用 fastp 进行质控，过滤
normalizaton，PQN）]。 低质量数据 [ 样本缺少超过 80%，或原始数据质量
1.4 转录组学和代谢组学联合分析 控制（Quality control，QC）缺失超过 50%]，得到
比较转录组中基因参与的通路和代谢组中代谢物 clean reads。如表 2 所示，各样本的有效数据分布
参与的通路，获得共同参与通路数，绘制韦恩图。 在 4.34~5.59 Gb，Q30 碱基率最低为 95.13%，平均
将相同组的差异表达基因（Differentially expressed GC 含量为 45.27%，说明所获得的转录组测序数据
genes，DEGs）和差异表达代谢物（Differentially 质量良好，能够满足后续分析的要求。

表 2 非选育系和选育系陆封型马苏大麻哈鱼卵转录组测序质量分析
Tab. 2 Analysis of the transcriptome sequencing quality of non-selected and selected lines of landlocked O. masou eggs
组别 样本 Raw reads 数量/个 Clean reads 数量/个 Q20 值/% Q30 值/% GC 含量/%
Groups Samples Raw reads number Clean reads number Q20 value Q30 value GC content
LLMS1 46 006 174 44 259 250 98.58 95.98 44.74
LLMS2 45 627 412 44 012 078 98.67 96.21 45.48
LLMS LLMS3 45 146 986 43 616 756 98.50 95.95 45.33
LLMS4 50 563 326 49 020 214 98.86 96.79 44.38
LLMS5 45 592 010 43 411 256 98.46 96.19 44.31

LBSMS1 47 220 086 44 516 596 98.59 96.07 46.18
LBSMS2 47 192 508 45 912 308 98.45 95.81 45.44
LBSMS LBSMS3 57 758 364 55 985 890 98.12 95.13 45.02
LBSMS4 49 119 498 46 600 564 98.57 96.12 45.21
LBSMS5 46 740 826 44 317 616 98.71 96.33 46.57

2.1.2 DEGs 分析 表达的影响，以错误发现率（False discovery rate，
为探究选育对陆封型马苏大麻哈鱼卵基因 FDR）≤0.05、|log （FC）|≥1（FC 为差异倍数，
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