Page 49 - 《水产学报》2026年第04期

4 期 水 产 学 报 50 卷

并加入 fragmentation buffer 将其随机打断，继而合 23 个候选基因。经 CDD 结构域验证和同源性比
成 cDNA 一链、二链，末端修复、加 A 尾并连接测 对 ， 剔 除 其 中 5 个 属 于 细 胞 视 黄 酸 结 合 蛋 白
序接头，最终通过 PCR 扩增构建链特异性转录组文 (CRABP) 家族和 4 个属于视黄醇结合蛋白 (RBP)
库。文库质检合格后，使用 Illumina NovaSeq 6000 家族的基因后，最终鉴定出 14 个典型的 FABP 家
平台进行测序。对原始测序数据 (raw reads) 进行质
族基因。根据其与已知 FABP 亚型的同源性，将
控，并使用 HISAT2 软件将有效数据 (clean reads)
其命名为 7 个亚型：FABP1 (2 个拷贝)、FABP2
与参考基因组进行快速精确的比对，获取高质量
(2 个拷贝)、FABP3 (4 个拷贝)、FABP4 (1 个拷贝)、
clean reads。进行转录本组装与基因表达水平 (FPKM
FABP6 (1 个拷贝)、FABP7 (3 个拷贝) 和 FABP10a
值) 定量。通过样本间表达相关性分析和主成分分
(1 个拷贝)。
析 (PCA) 验证生物学重复的一致性。提取所有 FABP
为明确鳀 FABP 基因的进化地位，从 NCBI
基因的 FPKM值，经 log2(FPKM+1) 转换后，根据
P 值进行差异分析，使用 TBtools 软件绘制热图， 下载了 23 种硬骨鱼类共 47 条完整 FABP 基因序
展示其在各组织、性别及叉长分组中的表达模式。 列 (表 1)，与上述 14 个鳀 FABP 基因序列共同构建
NJ 树 (图 1)，并设置狭口短唇沟鲨FABP 基因序
2 结果 列 MN822000.1 为外群。

所有 FABP 基因分为 3 个进化支：支 1 包含
2.1 鳀 FABP 基因的鉴定和系统进化分析
FABP1、 FABP6 和 FABP10； 支 2 包 含 FABP3、
通过 HMM 模型搜索，从鳀基因组中共获得 FABP4 和 FABP7；支 3 仅包含 FABP2。在支 2 内，

colored ranges
FABP1
FABP2
cluster 1 FABP3
鳀 E. japonicus FABP1.1 鳀 E. japonicus FABP6 斑马鱼 D. rerio FABP4 鳜 S. chuatsi FABP4 鳀 E. japonicus FABP4 鲤 C. carpio FABP4 黄颡鱼 T. fulvidraco FABP3 FABP6
FABP4
FABP7
FABP10a
斑马鱼 D. rerio FABP3
cluster1
cluster2
鳀 E. japonicus FABP1.2
鳜 S. chuatsi FABP1
cluster3
点带石斑鱼 E. coioides FABP1
红鳍东方鲀 T. rubripes FABP1
斑马鱼 D. rerio FABP1b
大西洋鲑 S. salar FABP3
大西洋鲑 S. salar FABP1
斑马鱼 D. rerio FABP1a
鳀 E. japonicus FABP3.1
乌鳢 C. argus FABP1
1.000
0.338 0.602 白斑狗鱼 E. lucius FABP3
美洲肺鱼 L. paradoxa FABP1
0.819 0.449
0.544
0.459 0.525 0.973 鳜 S. chuatsi FABP3
线鳢 C. striata FABP10
0.946 0.413
0.582
鳜 S. chuatsi FABP10
0.834 革首南极鱼 N. coriiceps FABP3b
0.357 0.999
鳀 E. japonicus FABP10a
0.722
0.993 0.957 0.727 0.862 0.655 驼背 南极鱼 G. gibberifrons FABP3b
斑马鱼 D. rerio FABP10a
扁嘴副带腭鱼 P. charcoti FABP3b
0.717
狭口短唇沟鲨 S. bivius FABP1
0.993
0.990
0.847
0.899 0.869 0.650 黑鳍冰鱼 C. aceratus FABP3b
᷄ S. chuatsi FABP2 0.640
南极小带腭鱼 P. antarcticus FABP3b
0.631
日本花鲈 L. japonicus FABP2 0.523 鳀 E. japonicus FABP3.2
金钱鱼 S. argus FABP2a 0.799 0.815 鳀 E. japonicus FABP3.3
裸盖鱼 A. fimbria FABP2 0.661 0.474 1.000 0.954 裸盖鱼 A. fimbria FABP3
斑马鱼 D. rerio FABP2 0.554 1.000 0.902 1.000 1.000
大西洋鲑 S. salar FABP2 0.679 0.560 0.866 0.892 0.907 0.778 0.362 革首南极鱼 N. coriiceps FABP3a
0.412
鳜 S. chuatsi FABP2b
南极小带腭鱼 P. antarcticus FABP3a
金钱鱼 S. argus FABP2b
cluster 3 鳀 E. japonicus FABP2.2 鳀 E. japonicus FABP2.1 裸盖鱼 A. fimbria FABP7 0.991 虹鳟 O. mykiss FABP7 0.863 0.412 0.898 0.974 0.962 1.000 1.000 虹鳟 O. mykiss FABP3 鳀 E. japonicus FABP3.4 驼背 南极鱼 G. gibberifrons FABP3a cluster 2
鳜 S. chuatsi FABP7
黑鳍冰鱼 C. aceratus FABP3a
翘嘴鲌 C. alburnus FABP3
鲫 C. auratus FABP3
大西洋鲑 S. salar FABP3a
tree scale: 0.1 美洲胡瓜鱼 O. mordax FABP7a 白斑狗鱼 E. lucius FABP7 美洲胡瓜鱼 O. mordax FABP7b 鳀 E. japonicus FABP7.3 鳀 E. japonicus FABP7.1 鳀 E. japonicus FABP7.2

图 1 鳀 FABP 基因家族系统发育分析
Fig. 1 Molecular phylogenetic analysis of the E. japonicus FABP family
https://www.china-fishery.cn 中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries
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