Page 48 - 《水产学报》2026年第04期

4 期 王瑞祥，等：鳀 FABP 基因家族鉴定、进化、表达分析及其生态适应策略 50 卷

类 FABP 基因序列，经筛选去除冗余和不完整序 NJ) 构建系统进化树，模型选择为 JTT，Bootstrap
列后，获得来自 26 个物种的 49 条代表性序列 重复次数设为 1 000 次以评估分支支持率 。利用
[38]
(表 1)。使用 ClustalW 软件 [36] 对鳀 14 个 FABP 基 ExPASy ProtParam 在线工具 (http://web.expasy.org/
因序列与下载的 49 条序列进行多序列比对。使用 protparam) 计算鳀各 FABP 蛋白的氨基酸数目、理
[39]
MEGA X 软件 [37] ，利用邻接法 (Neighbor-Joining, 论分子量和等电点 。

表 1 用于系统进化分析的鱼类 FABP 基因序列信息
Tab. 1 Information of fish FABP gene sequences used for phylogenetic analysis
物种 登录号 基因名 物种 登录号 基因名
species accession no. gene name species accession no. gene name
线鳢 Channa striata KJ867523.1 FABP10 日本花鲈 L. japonicus KX664079.1 FABP2
乌鳢 C. argus CM015712.1 FABP1 黄颡鱼 Tachysurus fulvidraco MG882758.1 FABP3
鲤 Cyprinus carpio GU230166.1 FABP4 白斑狗鱼 Esox lucius BT079660.1 FABP7
金钱鱼 S. argus MH396540.1 FABP2b 白斑狗鱼 E. lucius BT078810.1 FABP3
金钱鱼 S. argus MH118291.1 FABP2a 革首南极鱼 Notothenia coriiceps U92450.1 FABP3a
斑马鱼 D. rerio NM_001044712.1 FABP1a 革首南极鱼 N. coriiceps U92444.1 FABP3b
斑马鱼 D. rerio NM_152 960.1 FABP10a 驼背鮈南极鱼 Gobionotothen gibberifrons U92451.1 FABP3a
斑马鱼 D. rerio AF512998.1 FABP1b 驼背鮈南极鱼 G. gibberifrons U92446.1 FABP3b
斑马鱼 D. rerio AY628221.2 FABP3 扁嘴副带腭鱼 Parachaenichthys charcoti U92447.1 FABP3b
斑马鱼 D. rerio DQ266469.1 FABP4 黑鳍冰鱼 Chaenocephalus aceratus U92448.1 FABP3a
斑马鱼 D. rerio NM_131 431.1 FABP2 黑鳍冰鱼 C. aceratus U92442.1 FABP3b
大西洋鲑 S. salar BT048897.2 FABP3 南极小带腭鱼 Pagetodes antarcticus U92449.1 FABP3a
大西洋鲑 S. salar BT046566.1 FABP3a 南极小带腭鱼 P. antarcticus U92443.1 FABP3b
大西洋鲑 S. salar JK990975.1 FABP2 翘嘴鲌 Culter alburnus KJ629286.1 FABP3
大西洋鲑 S. salar JK990967.1 FABP1 鲫 Carassius auratus KU574643.1 FABP3
点带石斑鱼 E. coioides AF501663.1 FABP1 虹鳟 Oncorhynchus mykiss JN413683.1 FABP3
鳜 S. chuatsi MW286440.1 FABP10 虹鳟 O. mykiss BT073925.1 FABP7
鳜 S. chuatsi MW286441.1 FABP2b 裸盖鱼 Anoplopoma fimbria BT083086.1 FABP3
鳜 S. chuatsi MW286442.1 FABP3 裸盖鱼 A. fimbria BT083008.1 FABP7
鳜 S. chuatsi MW286443.1 FABP1 裸盖鱼 A. fimbria BT082323.1 FABP2
鳜 S. chuatsi MW286444.1 FABP/2 美洲胡瓜鱼 Osmerus mordax BT074978.1 FABP7b
鳜 S. chuatsi MW286445.1 FABP4 美洲胡瓜鱼 O. mordax BT074973.1 FABP7a
鳜 S. chuatsi MW286447.1 FABP7 美洲肺鱼 Lepidosiren paradoxa CX063425.1 FABP1
红鳍东方鲀 T. rubripes U90880.2 FABP1 狭口短唇沟鲨 Schroederichthys bivius MN822000.1 FABP1

1.4 保守基序、基因结构及共线性分析 1.5 蛋白质 3D 结构预测

通过 MEME Suite 在线程序 (https://meme-suite. 从 RCSB PDB 数据库 (https://files.rcsb.org/) 下
org/meme/tools/meme) 进行保守基序 (Motif) 分析， 载蛋白序列结构数据，构建本地 BLAST 数据库。
参数设置：基序最大发现数 6，宽度 6~50 bp，其 将鳀 FABP 蛋白序列通过 PSI-BLAST 与本地库进
行比对，选取同源性最高、覆盖度最好的已解析
[40]
他参数为默认 。使用本地 BLAST 软件进行基因
蛋白结构作为模板，用于示意性展示鳀各 FABP
组建库与比对，通过 MCScanX 软件 [41] 对 FABP
亚型的三维结构框架。
基因家族进行共线性分析和串联重复分析。通过
TBtools 软件 [42] 对外显子-内含子结构、Motif 分布、 1.6 转录组测序与表达谱分析
结构域分布、基因共线性、串联重复基因以及基 使用 TRIzol 法提取各组织样本的总 RNA。检测
因在染色体上的定位进行可视化。 RNA 质量合格后，利用 oligo (dT) 磁珠富集 mRNA，

中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
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