Page 161 - 《水产学报》2026年第04期
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4 期                                     水    产    学    报                                 50 卷

              分游动能力较强鱼类           [ 如鲭科   (Scombridae)] 能够     直接放大了      eDNA  与拖网间的差异。共有鱼类、
              根据视听信息对网具和调查船只进行精准规避；                            优势种/极优势种的比较结果也不理想：大部分鱼
              海域生态系统构成复杂，有些鱼类由于隐蔽性较                            类在  eDNA  和拖网上的物种优势度差             1~2  个数量
              强也难以被拖网抓获；低密度的小体型鱼类即使                            级。高频率出现鱼类的拟合结果也显示很难基于
              掉入网内也存在潜逃的可能             [2-3] 。因此拖网通常只          鱼类序列丰度预估对应尾数/生物量。调查方法的
              能捕获调查海域内的少部分鱼类。本研究中拖网                            不同、鱼类行为区别         (栖息水层、游泳能力、迁徙
              检出的鱼类物种数明显低于              eDNA，这与众多已             范围) 及   eDNA 产生释放差异        (雌-雄间、幼体-成
              有研究结果一致。尽管本研究中                eDNA  与拖网检         体间、活体-尸体间等) 等因素都可以导致物种优
              出的鱼类物种数存在显著的线性相关性，但是也                            势度出现偏差      [3, 31] 。此外，eDNA  宏条形码的技术
              有研究显示二者间的关联度并不大                  [36] 。eDNA  检   特性，同样也会扭曲各鱼类的物种优势度。相比
              出的鱼类物种数能否稳定反映拖网变动趋势尚需                            于  PCR、定量    PCR  及  Sanger 一代测序，eDNA     宏
              进一步验证。                                           条形码的最大优势是测序通量高，能够实现多物
                                                                           [44]
                   与拖网不同，eDNA        在定种方面存在较大问                种的同时检测 。然而受           PCR  抑制剂、引物-模板
              题。依据形态学特征和已有参考资料，拖网渔获                            匹配差异、竞争性扩增等因素的影响，eDNA                     宏
              几乎都达到了种水平的界定；而                eDNA  结果中有         条形码极难保证对各物种有相同的扩增效率，导
              相当比例      (24.402%) 的鱼类   OTUs 处于低可注释            致各物种最终的序列比例与初始的                 eDNA  比例存
                                                                         [45]
              状态。参考数据库缺失是             OTUs 难以注释的主要             在严重偏离 。本研究结果表明                eDNA  宏条形码
              原因   [2-3] 。为了弥补这一缺陷，国内外不少研究都                    技术可能不太适合对特定站位上特定物种的定性、
              会在   eDNA  调查之前构建各自的本底参考数据                       定量监测。
                                                                   与  eDNA  宏条形码相比，定量           PCR  技术则
              库 [37-38] 。这一做法也逐渐成为本领域的共识。然
                                                               无此缺点。虽然它也会受到              PCR  抑制剂的影响，
              而，即使本底参考数据库非常完备，eDNA                    可能
                                                               但是该技术是在引物种间特异的基础上进行扩
              也难以对全部鱼类进行准确注释。这是因为目前
                                                               增的  [46-47] 。数量多或者扩增效率高的非目标生物
              鱼类   eDNA 宏条形码技术的主流标记以核糖体基
                                                               eDNA  在扩增时无法与特异性引物匹配，使目标
              因  (rRNAs) 标记为主。与蛋白质编码基因              (PCGs)
                                                               物种  eDNA  分子即使密度很低、扩增效率较差也
              标记   (如标准    COX1  等) 相比，rRNAs 标记虽然具
                                                               不会遭受竞争性扩增          [46-47] 。对于浙江海域重要经
              有更高的通用性，但却存在变异速率不稳定的缺
                                                               济物种   (如带鱼) 等的监测，可能需要进一步引入
              陷——表现为近缘物种整体识别率低及部分鱼类
                                                               定量  PCR  技术。
              种内变异率过高        [39-40] 。本研究中黄鮟鱇、红娘鱼
                                                                   由于   eDNA、拖网的物种检出及定量原理截
              等鱼类与对应        OTUs 的多层从属关系也证明所用
                                                               然不同，二者基于物种数及个体数                (序列数) 确定
              标记的定种缺陷。此外，rRNAs 标记的                NGS  错误
                                                               的群落多样性指数差异明显。虽然两种调查方法
              率也远高于      PCGs 标记，因此使用         rRNAs 标记进
                                                               在  Simpson  优势度指数上能够很相近地反映本海
              行  eDNA  调查中可能会出现更多的虚假物种。这
                                                               域的总体情况，但是却很难在二者间建立准确的
              在  Tsuji 等 、Marques 等  [42]  的研究中已经得到证
                        [41]
                                                               数值转换模型。这与         Lee 等 [36]  的研究结果一致。
              实。由于没有设置本底序列，本研究尚无法核验
              低可注释      OTUs 中是否存在虚假序列。eDNA             技       3.3    调查海域的鱼类组成变迁
              术还需要开发新的宏条形码标记                (特别是   PCGs 标          同历史资料相比，浙江近岸优势种已发生了
              记)，从而提高浙江海域的鱼类定种准确性。                             较大变化。20      世纪   60  年代，本海域的优势种主
                   配对样品     t 检验对多样品量的细小差异非常                   要是优质底层鱼类，如带鱼、大黄鱼                  (L. crocea)、
                   [43]
              敏感 。本研究中以全部鱼类为分析对象时，两                            银姑鱼等；至      80 年代初，带鱼、银姑鱼等底层鱼
              种调查方法在物种优势度上存在显著性差异。推                            类减少，同时日本鲭、银鲳             (Pampus argenteus) 等
              测造成这一差异的主要原因是               eDNA  技术极为灵          中上层鱼类明显增加；从            90 年代末至今，带鱼、
              敏，检出了      91  种独有鱼类——虽然这些鱼类的物                   小 黄 鱼 等 经 济 鱼 种 依 然 占 优 势 ， 同 时 鳄 齿 鱼
              种优势度可能非常低，但是由于种数繁多，从而                            (Champsodon spp.)、麦氏犀鳕    (Bregmaceros mcclel-

              https://www.china-fishery.cn                           中国水产学会主办    sponsored by China Society of Fisheries
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