Page 210 - 《水产学报》2026年第2期
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2 期                                     水    产    学    报                                 50 卷

                                                                2.6    全基因组比较基因组学分析

                                                                    平均核苷酸多态性          (ANI) 分析  将分离
                                                               菌株  NS01  与  NCBI 上已知全基因组序列的其他
                                                               24  株鰤诺卡氏菌进行全基因组序列             ANI 分析并构
                                                               建热图   (表  4) 之间的相似性和进化距离，分离菌
                                                               株  NS01  与24  株鰤诺卡氏菌的        ANI 水平均高于
                                  1                     2
                                                               0.998 6，其中分离菌株       NS01  与淡水鱼源鰤诺卡
                                                               氏菌  20230510  株和  HSY-NS02  株的  ANI 水平最高，
                                                               达  0.999 9 (图  4)。分离菌株    NS01、20230510 株
                                                               和  HSY-NS02  株与海水鱼源鰤诺卡氏菌分离株             PY-
                                                               31、KH-21、VT-62、UTF1、KGN1266        和  ZJ0503
                                                               株的   ANI 水平较其他      8  株淡水鱼源鰤诺卡氏菌
                                                               ANI 水平更高，表明从中国淡水鱼分离得到的菌
                 10 μm            3    5 μm             4
                                                               株  NS01、20230510  株和   HSY-NS02  株与海水鱼
                         图版 Ⅰ    分离菌株形态观察                      源鰤诺卡氏菌的遗传距离更近，相似性更高。
              1. BHI 固体培养基上长出沙粒状菌落；2. BHI 液体培养基中长出
                                                                    基于直系同源基因分析构建进化发育树
              的颗粒状菌落；3. 分离菌株革兰氏染色呈阳性；4. 分离菌株扫描
                                                                为进一步分析分离菌株             NS01  与其他鰤诺卡氏
              电镜观察。
                                                               菌之间的进化关系，使用            OrthoFinder v2.2.7  将分
               Plate Ⅰ Morphological observation of isolated strains
                                                               离菌株         与  NCBI 其他已知全基因组序列的
              1. sand granular colonies grew on BHI solid medium; 2. granular colon-  NS01
              ies grew in BHI liquid medium; 3. the isolated strain was gram positive;  24  株鰤诺卡氏菌进行聚类分析。对  25  株鰤诺卡
              4. observation of isolated strains by scanning electron microscope.
                                                               氏菌的直系同源基因分析发现，25               株鰤诺卡氏菌
              氏菌属的     16S rRNA  基因序列构建分离菌株的系统                 共享  6 447  个直系同源基因      (图  5-a)。基于  25  株鰤
              发 育 树 ， 结 果 显 示 ， 分 离 菌 株 与 鰤 诺 卡 氏 菌            诺卡氏菌的直系同源基因构建进化发育树发现，
              (MT367731.1、 JF834068.1、 MK045207.1、 AP017       淡水鱼源的鰤诺卡氏菌分为               3  支，其中分离株
              900.1) 聚为一支，序列相似性都为             100% (图  2-a)；   TL20、 HSY-NS01、 SDAT0011、 NK201610020、
              从  GenBank  数 据 库 中 选 取 部 分 诺 卡 氏 菌 属 的          SY-24、 MH196537  和  CK-14 008  株 聚 为 一 支 ，
              secA1  基因序列构建分离菌株的系统发育树，结果                       EM150506  单 独 形 成 一 支 ， 分 离 株     NS01  株 与
              显 示 ， 分 离 菌 株 与 鰤 诺 卡 氏 菌  (AP028458.1、          20 230 510  和  HSY-NS02  株聚为一支   (图  5-b)。从
              CP134713.1、 CP017839.1、 OQ162047.1、 CP1307       进化关系上来看，淡水鱼源鰤诺卡氏菌分离株
              42.1) 聚 为 一 支 ， 序 列 相 似 性 为     99.78%  ~100%    NS01  与  20 230 510、HSY-NS02  株未与其他淡水
              (图  2-b)；综合分离菌株形态特征、生理生化特性                       鱼源鰤诺卡氏菌聚为一支，而与海水鱼源鰤诺卡
              鉴定和    16S rRNA  和  secA1  基因系统进化树的分析            氏菌  UTF1、KH-11、VT-45、PY-31、VT-62、PY-
              结果，确定分离菌株为鰤诺卡氏菌，命名为大口                            37、NT-50  和  KH-21  株在进化关系上聚为一支，
              黑鲈源鰤诺卡氏菌         NS01。                           表明淡水鱼源鰤诺卡氏菌分离株              NS01、20 230 510、

               2.5    全基因组概况                                   HSY-NS02  与海水鱼源鰤诺卡氏菌           UTF1  株、KH-
                                                               11、 VT-45、 PY-31、 VT-62、 PY-37、 NT-50     和
                   通过  Illumina 二代测序与     PacBio  三代测序相
                                                               KH-21  株在遗传进化上有较近的亲缘关系，推测
              结合的测序技术对分离菌株               NS01  进行全基因组
                                                               大口黑鲈源鰤诺卡氏菌            NS01  疑似由海水鱼源鰤
              测序，结果显示，分离菌株               NS01  全基因组序列
                                                               诺卡氏菌传播而来。
              大小为    8 104 751 bp，GC  含量为  68.15%，7 606  个
                                                                2.7    分离菌株致病性分析
              蛋白编码基因，含有            tRNA  基因  63  个，5S rRNA
              基因、16S rRNA     基因和    23S rRNA  基因各   4  个，          回归感染实验  分离菌株             NS01  以腹腔注
              sRNA  基因  12  个  (图  3)。将菌株全基因组测序数据              射方式感染健康大口黑鲈，最高浓度组                    (1.8×10 8
              提交至    GenBank，登录号为      CP147977。               CFU/mL  组) 的大口黑鲈在腹腔注射后            3 d  开始出

              https://www.china-fishery.cn                           中国水产学会主办    sponsored by China Society of Fisheries
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