Page 122 - 《水产学报》2025年第12期

邹奥锟，等 水产学报, 2025, 49(12): 129610

以上。将各样品质控后的原始数据，与七彩神 分、实现的分子功能等。就生物过程而言，主
仙鱼的基因组进行序列对比，比对率为 84.66%~ 要涉及细胞过程、生物调节、代谢过程、多细
90.22%，比对到基因组唯一位置的 reads 数的比 胞生物过程、发育过程、细胞成分组织或生物
例均大于 80%，在基因组上有多个位置的序列 发生、刺激反应和本土化生物学过程；就细胞
数比例小于 5%。 组成而言，主要涉及细胞和细胞器部分、含蛋

2.9 转录组文库质量评估 白质的复合物、膜和膜部分、胞外区域和细胞
连接的组分构成。就分子功能而言，主要实现
需要准确量化的转录本的测序深度因其
结合、催化活性、转运活动和分子功能调节等
表达水平而异，为确保低表达转录本的准确
功能 (图 2)。
量化，需增加测序深度。通过绘制饱和曲线
通过 KEGG 数据库对显著富集 (P < 0.05)
评估不同表达水平的转录本在不同测序深度 adj
的基因按其所参与的通路或功能进行分类，包
下的准确量化情况。大多数表达量中等或更
括代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞
高 (定量值高于 3.5 的基因) 的基因组测序读数
过程、有机体系统和人类疾病。显著富集的基
为 40% 时接近饱和状态。由此可知饱和度的
因主要与信号传导、内分泌系统、循环系统、
总体质量很高，测序量可以覆盖绝大多数表
消化系统、免疫系统、碳水化合物代谢、核苷
达的基因。
酸代谢以及某些心血管疾病、内分泌和代谢性
2.10 转录组 DEGs 分析 疾病有关 (图 3)。

为了分析七彩神仙鱼异速生长的调控基因， 2.12 DEGs 的 GO 和 KEGG 富集分析
将 F 组和 S 组进行基因比对筛选分析。从差异
利用 Goatools 软件对 DEGs 进行 GO 富集
基因统计图 (图 1) 统计结果发现，F 组与 S 组
分析，确定基因功能。所采用的方法是 Fisher
总共鉴定出 216 个 DEGs，上调基因数有 68 个，
精确检验，并设置 P < 0.05 作为校正 P 值阈
下调基因数为 148 个。 adj
值 (图 4)。通过分析发现，显著富集的基因
2.11 DEGs 的 GO 和 KEGG 功能注释 参与不同生物过程，前 20 个分别是 7 个肌肉

使用 GO 数据库对显著富集 (P adj. < 0.05) 的 发育相关过程 (骨骼肌纤维发育、肌管细胞发
基因进行分类，包括生物过程、构成细胞的组 育、肌钙蛋白复合物、肌节组织、肌肉细胞

160 16
148
140 14 上调 up (68)
非显著性差异
120 12 no significant difference
差异基因数量/个 no. of DEGs 80 68 统计学检验值 lg ( P adj ) 8 下调 down (148)
(22 295)
100
10
60
6
40
2
20 4
0 0
1 2 −8 −6 −4 −2 0 2 4 6 8
基因表达情况 表达差异倍数
gene expression status multiple expression differences
(a) (b)
图 1 DEGs 统计结果
(a) 表达量差异统计图，1. 上调，2. 下调；(b) 表达量差异火山图。
Fig. 1 DEGs analysis results
(a) differential expression plot, 1. up, 2. down; (b) volcano plot for differential expression.

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