Page 119 - 《水产学报》2025年第12期

邹奥锟，等 水产学报, 2025, 49(12): 129610

1.9 转录组数据测定 但无显著性差异 (P < 0.05)(表 1)。养殖实验开
测序、组装和序列对比 在养殖实验结 始前，F 组的初始平均体重和初始总体重显著
大于 S 组 (P < 0.05)，F 组初始平均体重为 S 组
束停食 24 h 后，通过 MS-222 (100 mg/L) 对鱼
的 2.27 倍。养殖实验结束后，S 组和 F 组间终
体进行麻醉，随后对其进行解剖，每组选取 3
末平均体重仍存在显著性差异 (P < 0.05)，F 组
个重复、每个重复取 6 尾鱼的内脏团迅速装入
终末平均体重和终末总体重为 S 组的 2.50 倍。
冻存管，−80 °C 保存，用于内脏转录组测定。
从七彩神仙鱼的内脏组织样本中提取总 RNA， 整个养殖过程中 S 组和 F 组平均体重的测定结
随后使用 Nanodrop 2000 对提取 RNA 的浓度和 果显示，S 组的终末平均体重为初始平均体重
纯度进行检测，通过琼脂糖凝胶电泳方法对 的 2.65 倍，而 F 组的终末平均体重为初始平均
RNA 的 完 整 性 进 行 检 测 ， 同 时 使 用 Agilent 体重的 2.92 倍。
2100 确定 RNA 完整性值 (RIN 值)。 异速生长七彩神仙鱼在生长方面，F 组日
所有转录的 mRNA 均使用 Illumina Novaseq 平均增重显著大于 S 组 (P < 0.05)；摄食方面，

6 000 测序平台进行测序，使用 Illumina Truseq F 组日平均摄食量显著大于 S 组 (P < 0.05)，摄
TMRNA 样本制备套件方法构建序列库，其中 食率显著小于 S 组 (P < 0.05)；饲料效率方面，
序列库的构建和测序由上海美吉生物医药科技 F 组饲料效率显著大于 S 组 (P < 0.05)；蛋白沉
有限公司完成。然后使用 fastp 软件删除未插入 积方面，F 组蛋白质沉积率大于 S 组，但差异
片段的读序 (reads)，利用 Hisat2 将质控后的原 不显著 (表 2)。

始数据与七彩神仙鱼基因组序列进行比对。 表 1 异速生长七彩神仙鱼的存活率和体重变化
差异表达基因 (DEGs) 的筛选、功能注释 Tab. 1 Changes in survival rate and weight of
和富集分析 使用软件 RSEM 来量化基因和 allometric growth S. haraldi
转录本表达水平，TPM 被用作表达水平的定量 项目 S组 F组
item S group F group
指标。在获取基因转录本读取的短片段数量
a
存活率/% survival rate 96.429±2.525 98.571±3.194 a
(read counts) 后，使用 DEG-seq 软件鉴定样本之
初始平均体重/g initial average weight 0.153±0.011 a 0.347±0.030 b
间 DEGs，将筛选出的 DEGs 进行聚类分析，随
终末平均体重/g final average weight 0.405±0.080 a 1.014±0.254 b
后进行功能注释，可以在 NR、Swiss-Prot、Pfam、
初始总体重/g initial total weight 4.270±0.317 a 9.713±0.853 b
EggNOG、GO 和 KEGG 等数据库中得到 DEGs
a
终末总体重/g final total weight 11.351±2.258 28.382±7.115 b
的注释结果。 注：同一行中不同的小写字母表示差异显著(P < 0.05)；下同。
对 S 和 F 2 组样品的 DEGs 进行 GO 分析， Notes: Different lowercase letters in the same row indicate significant
以更好地了解 2 组 DEGs 富集的 GO 分组和其 differences (P < 0.05); the same below.
之间的层次关系。采用 KEGG 富集方法，对 S 表 2 异速生长七彩神仙鱼的日平均增重、日平均摄食
和 F 组 2 组 DEGs 进行富集分析，把互相协调 量、摄食率、饲料效率和蛋白质沉积率
的基因富集到共同的代谢通路中，从而更好地 Tab. 2 Daily average weight gain, daily average feed
分析 2 组间差异显著的原因。 intake, feeding rate, feed efficiency, and
protein deposition rate of allometric growth S. haraldi
1.10 数据分析
项目 S组 F组
使用 SPSS 27.0 统计软件进行单因素方差 item S group F group
分析 (One-Way ANOVA)。当 P≤0.05 时，表示 日平均增重/(g/d) 0.038±0.011 a 0.102±0.035 b
daily average weight gain
差异具有统计学意义，即差异显著。
日平均摄食量/g 0.221±0.030 a 0.410±0.087 b
daily average feed intake
2 结果 摄食率/(%/d) 16.131±0.946 b 12.252±0.687 a
feeding rate
2.1 生长指标 饲料效率/% 17.208±2.622 a 24.321±3.118 b
feed efficiency
通过测定异速生长七彩神仙鱼的存活率和 蛋白质沉积率/% 20.756±4.380 a 24.662±4.445 a
体重，结果显示，F 组的存活率较 S 组更高， protein deposition rate

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