Page 192 - 《水产学报》2025年第11期

葛恒，等 水产学报, 2025, 49(11): 119616

鱼 [(0.53±0.08) g，(3.43±0.68) cm] 4 800 尾，随 1.6 肠道转录组测序分析
机分配至 12 个实验桶内，每桶 400 尾。根据相
文库构建和测序 按照 TRIzol Reagent
关文献 [9-11] 关于流速的研究报道，2.5~4.0 bl/s 对
操作流程提取大口黑鲈肠道组织总 RNA，利用
大口黑鲈生长健康有利，因此本实验在工厂化
DNaseI (RNaseFree) 去除 RNA 酶污染和残留的
循环水系统下设定 0 (静水组)、2.5、4.5 和 6.5
基因组 DNA。分别用 1% 的琼脂糖凝胶电泳、
bl/s 组，每组设置 3 个平行，实验持续 42 d (图 1)。
Nanodrop 和 Qubit RNA 检 测 RNA 的 完 整 性 、
实验期间，各养殖桶水质条件、饲喂条件与暂
纯度和浓度，判定其是否符合文库构建质量要
养期间保持一致，每 2 w 根据体长变化调整流
求，每组检测 3 个生物学重复。
速。投喂时关闭潜水泵，使水流保持静止状态，
测序数据质控和组装 为确保后续转录
喂食 1 h 后吸出残饵与粪便。
组分析的准确性，对原始数据 (Raw Data) 进行
1.4 样品采集 过滤，包括采用 fastp (0.22.0) 去除 3′端带接头
的序列、去除平均质量分数低于 Q20 的 Reads，
实验开始后的第 0、24、48、96 小时和第
经过一系列严格质控步骤获得高质量测序数据
2、4、6 周分别随机捞取各处理组 30 尾大口黑
(Clean Data)。利用 HISAT2 (v2.1.0) 软件将测序
鲈 ， 采 用 浓 度 为 100 mg/L 的 MS-222 麻 醉 剂
reads 高效比对到大口黑鲈参考基因组，用 StringTie
(Sigma-Aldrich) 麻醉，采集其肠道，迅速放于
(v2.2.1) 软件将比对到基因组上的 reads 组装为
液氮中速冻，后置于−80 ℃ 保存备用。2、4 和
转录本，实现基因或转录本的表达评估。
6 w 分别测量体长和体重后进行样品采集。
差异基因 KEGG 富集 使用 clusterPro-
1.5 生理生化测定
filer (v4.6.0) 软件进行 KEGG 通路富集分析。使
总蛋白质浓度、丙二醛 (MDA)、过氧化氢 用 GSEA (v4.1.0) 软件进行基因集富集分析，GSEA
酶 (CAT)、谷胱甘肽过氧化物酶 (GPX)、总超 不需要指定明确的差异基因阈值，对所有基因
氧化物歧化酶 (T-SOD)、胰蛋白酶、淀粉酶、 按照在两组样本中的差异表达程度进行排序，
脂肪酶的测定均采用南京建成生物工程研究所 然后采用统计学方法检验预先设定的基因集合
的试剂盒，具体测定方法按试剂盒说明书进行。 是否在排序表的顶端或低端富集。

流速
flow volocity
静水组(对照) CK：0 bl/s
低流速组 LF：2.5 bl/s
中流速组 MF：4.5 bl/s
大口黑鲈 M. salmoides 高流速组 HF：6.5 bl/s

0 w, 2 w, 4 w, 6 w 0 h, 24 h, 48 h, 96 h 0 w, 2 w, 4 w, 6 w
生长性能 肠道抗氧化能力 肠道消化能力
growth performance intestinal antioxidant capacity intestinal digestibility
体长 body length 丙二醛 MDA
体重 body weigth 过氧化氢酶 CAT 胰蛋白酶 trypsin
增重率 WGR 超氧化物歧化酶 SOD α-淀粉酶 AMS
特定生长率 SGR 谷胱甘肽过氧化物酶 GPX 脂肪酶 LPS
死亡率 mortality rate
肠道转录组分析
intestinal transcriptome analysis

工厂化循环水养殖系统下大口黑鲈苗种培育适宜的流速
suitable flow volocity for M. salmoides fry cultivation in a factory
recirculating water culture system
图 1 技术路线
Fig. 1 Technological route

中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
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