Page 36 - 《水产学报》2025年第5期

瞿才惠，等 水产学报, 2025, 49(5): 059103

数主要集中在 10~14 次，重复次数为 10 的位点 (0.29%) (图 3)。此外，不考虑微卫星重复基元
数量最多，有 64 690 个，占单核苷酸总数的 类型，序列长度为 12 bp 的微卫星位点数量最
34.41%。重复 11、12、13、14 次的微卫星位点 多，为 55 599 条，占总位点数的 15.85%。其次
分 别 有 36 226 个 (19.27%)、 22 550 个 (12%)、 为长度 10 bp 的位点，为 51 301 条，占总位点
15 745 个 (8.38%) 和 11 125 个 (5.92%)。二核苷 数的 14.62%。其他长度数量及所占频率见图 2。
酸重复次数主要集中在 6~11 次，重复次数为 6 褐菖鲉微卫星序列长度分布于 10~682 bp，
的位点数量最多，有 69 393 个，占二核苷酸总 平均长度为 36.87 bp。不同重复单元类型的微
数的 25.5%。重复 7、8、9、10、11 次的微卫 卫星序列长度具有多态性。随着微卫星序列长
星 位 点 分 别 有 41 017 个 (15.07%)、 26 813 个 度的增加，其出现的频次整体呈逐渐下降的趋
(9.85%)、19 410 个 (7.13%)、14 682 个 (5.39%)、 势 (图 2)。单核苷酸重复基元最丰富，共 148 313
12 176 个 (4.47%)。三核苷酸重复基元主要集中 个位点，占总数的 41.81%，平均长度为 26.74
在 5~9 次，重复次数为 5 的位点数量最多，有 bp。其次为二核苷酸重复，有 147 208 个位点，
30 829 个，占三核苷酸总数的 39.58%。重复 6、 占总数的 41.50%，平均长度为 12.48 bp。三核
7、 8、 9 次 的 微 卫 星 位 点 分 别 有 16 668 个 苷酸共有 41 756 个位点，占总数的 11.77%，平
(21.4%)、9 957 个 (12.78%)、6 592 个 (8.46%)、 均长度为 20.62 bp。其他重复类型较少，分别
4 301 个 (5.52%)。四、五、六核苷酸重复次数 为四核苷酸重复 12 855 个 (3.62%)，五核苷酸重复
主要集中在 5~6 次，其他重复次数见表 3。 3 557 个 (1.00%)，六核苷酸重复 1 024 个 (0.29%)

(图 4)。此外，不考虑微卫星重复基元类型，序
2.4 微卫星序列长度及变异分析
列长度为 12 bp 的微卫星位点数量最多，为
许氏平鲉微卫星序列长度分布于 10~392 bp， 55 942 条，占总位点数的 15.66%；其次为长度
平均长度为 34.59 bp。不同重复单元类型的微 10 bp 的 位 点 ， 为 51 744 条 ， 占 总 位 点 数 的
卫星序列长度具有多态性。随着微卫星序列长 14.49%。其他长度数量及所占频率见图 2。

度的增加，其出现的频次整体呈逐渐下降的趋
势 (图 2)。二核苷酸重复基元最丰富，共 144 648 3 讨论
个位点，占总数的 42.23%，平均长度为 23.93
3.1 许氏平鲉和褐菖鲉微卫星在全基因组中的
bp。其次为单核苷酸重复，有 139 066 个位点，
含量比较
占总数的 40.60%，平均长度为 12.32 bp。三核
苷酸共有 41 076 个位点，占总数的 11.99%，平 以许氏平鲉和褐菖鲉全基因组为基础，对
均长度为 20.54 bp。其他重复类型较少，分别 基因组中 1~6 碱基重复完整型微卫星进行统计
为四核苷酸重复 13 218 个 (3.86%)，五核苷酸重 分析。许氏平鲉基因组序列总长度 (848 024 649
复 3 512 个 (1.03%)， 六 核 苷 酸 重 复 986 个 bp) 大于褐菖鲉 (795 691 141 bp)，微卫星位点

16
许氏平鲉 S. schlegelii
14
褐菖鲉 S. marmoratus
12
频率/% frequency 10
8
6
4
2
0
10 15 20 25 30 35 40 45 50
SSR 序列长度/bp
SSR squence length
图 2 两种鱼类的基因组不同微卫星序列长度的出现频率
Fig. 2 Frequency of different microsatellite sequence lengths in the genomes of two fishes

中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
5