Page 33 - 《水产学报》2025年第5期
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瞿才惠，等                                                                 水产学报, 2025, 49(5): 059103

              尾 鮰 (Ictalurus  punctatus) 、 石 斑 鱼  (Epineph-    数据库    (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?te-
                                     [10]
              elus  spp.) [11]  及 鲢  (Hypophthalmichthys  molitrix)、  rm=Sebastiscus+marmoratus)。

              鳙  (Aristichthys nobilis) [12]  等鱼类全基因组微卫
                                                               1.2    数据分析
              星序列的特征分析和标记开发研究。
                   许氏平鲉    (Sebastes schlegelii) 属鲉形目  (Scor-      利用微卫星搜索软件            MISA(http://pgrc.ipk-
                                                               gatersleben.de/misa/) 对许氏平鲉和褐菖鲉全基因
              paeniformes) 平 鲉 科  (Sebastiae) 平 鲉 属  (Sebas-
              tes) [13-14] ，是一种冷温性近海底层经济鱼类，在                   组中完整型微卫星序列进行搜索和统计。MISA
              我国渤海、黄海和东海均有分布。秋天雄性许                             工具   (MIcroSAtellite identification tool) 是一套开
              氏平鲉先成熟，在自然海区               11  月前后交尾，精           源的   perl 语言脚本，用于高通量的微卫星位点
              子留在雌性体内，待次年              3  月底卵成熟时受精，            搜索与引物设计，并适用于               EST  和  RNA  测序
              胚胎发育在雌体内进行，属于典型的卵胎生鱼                             序列   (RNA-seq)、文库核酸序列          (nucleotide) 及
              类。利用分子生物学手段辅助许氏平鲉种质资                             基因组测序片段         (genome) 等 [23] 。MISA  软件具
              源开发，了解其种质资源状况是进行渔业资                              有运行指令较简单、运行耗时短以及可与多种
              源保护、良种选育和增殖放流工作的重要技术                             工具联用等优点，已成为大部分微卫星筛选及
              基础   [15-19] 。                                   引物设计的首选工具           [24-25] 。本研究统计标准设
                   褐菖鲉     (Sebastiscus marmoratus) 隶属鲉形       置为   MISA  默认参数，经过前期研究可知，以
                                                                                                        [27]
              目鲉科     (Scorpaenidae) 菖鲉属   (Sebastiscus) [13-14] ，  此标准搜索全基因组微卫星得出的结果最优 ，
              是一种暖水性底层鱼类，主要栖息于近海底层                             即单碱基重复序列最小拷贝数设置为                   10，二碱
              岩礁区；主要分布于西北太平洋中部、南部沿                             基重复序列最小拷贝数设置为               6，三、四、五、
              海暖水地带，在我国渤海、黄海、东海和南海                             六碱基重复序列最小拷贝数设置为                   5。考虑碱
              均有分布，是重要的广布型海洋经济鱼类；繁                             基互补配对原则和碱基排列顺序的差异，对聚
              殖方式为卵胎生，体内受精               [16, 20-21] 。与此同时，    为同一类型的微卫星进行兼并统计。

              褐菖鲉也被作为海洋水系生态环境的指示生物，
              用于监测海域生态环境，在生态系统中的物质                             2    结果

                                                 [22]
              循环和能量流动方面发挥着重要作用 。                               2.1    微卫星位点的分布特点
                   生物以    DNA  作为遗传信息的载体，得到
                                                                   利用   MISA  检测的许氏平鲉基因组序列总
              DNA  序 列 信 息 有 利 于 生 命 的 探 索 。 自        1990
                                                               长度为    848 024 649 bp，序列总数为      741  条，其
              年人类基因组计划推进以来，DNA                  测序技术的
                                                               中有  635  条序列含有     534 272  个微卫星位点，微
              发展速度迅猛，生物研究进入了组学时代                       [23] 。
                                                               卫星序列总长度为          14 151 681 bp，占基因组总
              本研究利用微卫星筛选软件               MISA [24-26] ，对许氏
                                                               长度的    1.67%，平均每      1 587.25 bp  含有  1  个微
              平鲉和褐菖鲉两种鱼类全基因组中的微卫星进
                                                               卫星位点     (表  1)。包含   1  个以上微卫星位点的序
              行筛选并统计分析，初步探究这两种鱼类基因
                                                               列有  584  条，占发生微卫星位点序列的              91.97%。
              组中微卫星的分布规律，为进一步研究许氏平
                                                               51  条序列包含     1  个微卫星位点，占包含微卫星
              鲉和褐菖鲉全基因组的特征提供参考，并为今
                                                               位点序列的      8.03%。所有微卫星位点中，共包
              后开展两种鱼类种质资源评估和遗传育种等工
                                                               含  125 415  个复合型微卫星      (C  型微卫星)，占微
              作奠定基础。

                                                               卫星位点总数的        23.47%。褐菖鲉基因组序列总
              1    材料与方法                                       长度为    795 691 141 bp，序列总数为       90  条，其
                                                               中有   77  条序列含有     571 370  个微卫星位点，微

              1.1    全基因组来源                                    卫星序列总长度为          15 854 826 bp，占基因组总
                   许氏平鲉全基因组数据来自                NCBI Geno-      长度的    1.99%，平均每      1 392.60 bp  含有  1  个微
              me 数据库下载，以        FASTA  格式文件保存       (https://  卫星位点     (表  1)。其中包含     1  个以上微卫星位点
              www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Sebastes+      的 序 列 有   74  条 ， 占 发 生 微 卫 星 位 点 序 列 的
              schlegelii)。 褐 菖 鲉 全 基 因 组 数 据 来 自     NCBI      96.10%；3  条序列包含       1  个微卫星位点，占包

              https://www.china-fishery.cn                           中国水产学会主办    sponsored by China Society of Fisheries
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