Page 34 - 《水产学报》2025年第5期

瞿才惠，等 水产学报, 2025, 49(5): 059103

表 1 两种鱼类的基因组 SSR 位点信息 元最少，仅有 179 个，占二核苷酸重复基元的
Tab. 1 Genomic SSR loci information of two fishes 0.72%。三核苷酸数量共 82 391 个，重复基元
检索项目 许氏平鲉 褐菖鲉 共有 10 种类型，其中以 AAT/ATT 为主要重复
retrive item S. schlegelii S. marmoratus
基元，其位点数为 26 883 个，占三核苷酸重复
检测序列总数/个 741 90
total number of sequences 基元的 32.63%；ACG/CGT 重复基元最少，仅有
examined
274 个，占三核苷酸重复基元的 0.33%。四核苷
检测序列总长度/ bp 848 024 649 795 691 141 酸和五核苷酸重复类型较多，分别有 种和
total size of examined sequences 33
检测到的SSRs总数/个 534 272 571 370 98 种重复类型，但数目较少，仅占总微卫星位
total number of identified SSRs
点的 5.70% 和 1.19%。六核苷酸重复类型最多，
包含有SSR重复单元的序列 635 77 有 种，但数目最少，仅占总微卫星位点的
数/个 169
number of SSR containing 0.35% (表 2)。不同重复类型微卫星表现为二碱
sequences
基 (46.37%) >单碱基 (30.97%) >三碱基 (15.42%) >
包含1个以上的SSR的序列数/个 584 74
number of sequences containing 四碱基 (5.70%) >五碱基 (1.19%) >六碱基 (0.35%)。
more than 1 SSR
褐菖鲉基因组微卫星核苷酸重复基元种类
复合SSR数/个 125 415 141 336
number of SSRs present in 丰富，共存在 308 种类型，重复基元的碱基变
compound formation
化为 1~6。单核苷酸数量共 187 994 个，重复基
微卫星平均跨度/bp 1 587.25 1 392.60 元有 和 两种类型，其中以 为主，
average distance of SSR A/T C/G A/T
共有 172 594 个位点，占单核苷酸重复基元的
含微卫星位点序列的 3.70%。所有微卫星位点 91.81%。二核苷酸数量共 272 148 个，重复基
中共包含 141 336 个复合型微卫星 (C 型微卫星)， 元有 AC/GT、AT/AT、AG/CT 和 CG/CG 四种
占微卫星位点总数的 24.73%。 类型，其中以 AC/GT 为主，共有 157 437 个位

点，占二核苷酸重复基元的 57.85%；CG/CG 重
2.2 微卫星重复类型
复基元最少，仅有 166 个，占二核苷酸重复基
许氏平鲉基因组微卫星核苷酸重复基元种 元的 0.67%。三核苷酸数量共 82 391 个，重复
类丰富，共存在 316 种类型，重复基元的碱基 基元共有 10 种类型，其中以 AAT/ATT 为主要
变化为 1~6。单核苷酸数量共 165 455 个，重复 重复基元，其位点数为 25 347 个，占三核苷酸
基元有 A/T 和 C/G 两种类型，其中以 A/T 为主， 重复基元的 32.54%；ACG/CGT 重复基元最少，
共有 152 749 个位点，占单核苷酸重复基元的 仅有 176 个，占三核苷酸重复基元的 0.21%。
92.32%。二核苷酸数量共 247 744 个，重复基 四核苷酸和五核苷酸重复类型较多，分别有 33
元有 AC/GT、AT/AT、AG/CT 和 CG/CG 四种 种和 95 种重复类型，但数目较少，仅占总微卫
类型，其中以 AC/GT 为主，有 147 630 个位点， 星位点的 4.26% 和 1.04%。六核苷酸重复类型
占二核苷酸重复基元的 59.59%；CG/CG 重复基 最多，有 164 种，但数目最少，仅占总微卫星

表 2 许氏平鲉基因组微卫星位点重复类型和重复次数的统计分析
Tab. 2 Statistical analysis of repeat types and repeat times of microsatellite loci in S. schlegelii genome

重复单元类型 repeat unit type
微卫星类型 数量 百分比/% 种类
SSR type number percentage type 优势重复单元 在该类中占比/%
advantage repeat unit percentage in this type
单核苷酸 mono-nucleotide 165 455 30.97 2 A/T 92.32
二核苷酸 di-nucleotide 247 744 46.37 4 AC/GT 59.59
三核苷酸 tri-nucleotide 82 391 15.42 10 AAT/ATT 32.63
四核苷酸 tetra-nucleotide 30 428 5.70 33 ACAG/CTGT 27.48
五核苷酸 penta-nucleotide 6 371 1.19 98 AGAGG/CCTCT 20.28
六核苷酸 hexa-nucleotide 1 883 0.35 169 AACCCT/AGGGTT 21.14
总计 total 534 272 100 316

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