Page 35 - 《水产学报》2025年第5期
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瞿才惠，等 水产学报, 2025, 49(5): 059103
位点的 0.53% (表 3)。不同重复类型微卫星表现 (13.63%) >四碱基 (4.26%) >五碱基 (1.04%) >六
为二碱基 (47.63%) >单碱基 (32.90%) >三碱基 碱基 (0.53%)。
表 3 褐菖鲉基因组微卫星位点重复类型和重复次数的统计分析
Tab. 3 Statistical analysis of repeat types and repeat times of microsatellite loci in S. marmoratus genome
重复单元类型 repeat unit type
微卫星类型 数量 百分比/% 种类
SSR type number percentage types 优势重复单元 在该类中占比/%
advantage repeat unit percentages in this type
单核苷酸 mono-nucleotide 187 994 32.90 2 A/T 91.81
二核苷酸 di-nucleotide 272 148 47.63 4 AC/GT 57.85
三核苷酸 tri-nucleotide 77 888 13.63 10 AAT/ATT 32.54
四核苷酸 tetra-nucleotide 24 367 4.26 33 AGAT/ATCT 27.31
五核苷酸 penta-nucleotide 5 954 1.04 95 AGAGG/CCTCT 22.49
六核苷酸 hexa-nucleotide 3 019 0.53 164 AACCCT/AGGGTT 56.71
总计 total 571 370 100 308
2.3 微卫星位点基元重复次数 12 次的微卫星位点分别有 38 633 个 (15.59%)、
24 565 个 (9.92%)、 17 289 个 (6.98%)、 13 644
从许氏平鲉核苷酸重复次数来看，核苷酸
个 (5.51%)、11 154 个 (4.50%)、9 631 个 (3.89%)。
基元重复次数主要集中在 5~17 次。其中重复次
三核苷酸重复基元主要集中在 5~10 次，重复次
数为 6 的位点数量最多，有 91 669 个，占总数
数为 5 的位点数量最多，有 32 429 个，占三核
的 17.66%；重复 5、7、8、9、10、11、12 次
苷酸总数的 39.36%；重复 6、7、8、9、10 次
的微卫星位点分别有 48 668、54 053、34 229、
的微卫星位点分别有 17 225 个 (20.91%)、10 596
23 745、78 822、46 319 和 31 230 个；其他重复
个 (12.86%)、6 835 个 (8.30%)、4 575 个 (5.55%)、
频率较少 (图 1)。单核苷酸重复次数主要集中
3 159 个 (3.83%)。四、五、六核苷酸重复次数
在 10~13 次，重复次数为 10 的位点数量最多， 主要集中在 5~8 次，其他重复次数见表 2。
有 60 732 个，占单核苷酸总数的 36.71%；重 褐菖鲉核苷酸基元重复次数主要集中在
复 11、12、13 次的微卫星位点分别有 32 081 个 5~17 次，其中重复次数为 6 的位点数量最多，
(19.39%)、19 507 个 (11.79%)、13 387 个 (8.09%)。 有 92 776 个，占总数的 16.72%。重复 5、7、8、
二核苷酸重复次数主要集中在 6~12 次，重复次 9、10、11、12 次的微卫星位点分别有 44 874、
数为 6 的位点数量最多，有 65 885 个，占二核 54 678、35 674、25 218、83 310、51 241 和 34 796
苷酸总数的 26.59%；重复 7、8、9、10、11、 个，其他重复频率较少 (图 1)。单核苷酸重复次
18
16 许氏平鲉 S. schlegelii
褐菖鲉 S. marmoratus
14
12
频率/% frequency 10
8
6
4
2
0
5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 >30
重复次数/次
repeat times
图 1 两种鱼类的基因组微卫星重复次数与频率的关系
Fig. 1 Relationship between microsatellite repeats and frequencies in the genomes of two fishes
https://www.china-fishery.cn 中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries
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