Page 32 - 《水产学报》2025年第5期

2025, 49(5): 059103 JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA

DOI: 10.11964/jfc.20230714083

许氏平鲉和褐菖鲉全基因组微卫星分布规律
及其比较分析

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瞿才惠 ， 瞿印权 ， 贺 艳 ， 赵 祥 ， 高天翔 1* 第一作者：瞿才惠，从事渔业资源研
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究，E-mail：1580357070@qq.com
1. 浙江海洋大学水产学院，浙江 舟山 316022；2. 中国海洋大学海洋生命学院，
山东 青岛 266003；3. 中国海洋大学水产学院，山东 青岛 266003

摘要：
【目的】探究许氏平鲉和褐菖鲉全基因组中微卫星的分布规律。
【方法】使用 MISA 软件对许氏平鲉和褐菖鲉两种鱼类全基因组中完
整型微卫星序列进行搜索和统计，通过 Excel 软件制作图表，对微卫
星统计结果进行比较分析。
【结果】许氏平鲉基因组序列总长度为 848 024 649 bp，序列总数为 通信作者：高天翔，从事渔业资源及
其种群遗传学研究。现任中国鱼类学
741 条，其中有 635 条序列含有 534 272 个微卫星位点，微卫星序列总 会理事、全国水产标准化技术委员会
海水养殖分技术委员会委员。主持完
长度为 14 151 681 bp，占基因组总长度的 1.67%，平均每 1 587.25 bp 成国家自然科学基金项目6项，E-mail：
含有 1 个微卫星位点。不同重复类型微卫星表现为二碱基 (46.37%) > gaotianxiang0611@163.com

单碱基 (30.97%) >三碱基 (15.42%) >四碱基 (5.7%) >五碱基 (1.19%) >六
碱基 (0.35%)。褐菖鲉基因组序列总长度为 795 691 141 bp，序列总数
为 90 条，其中有 77 条序列含有 571 370 个微卫星位点，微卫星序列
总长度为 15 854 826 bp，占基因组总长度的 1.99%，平均每 1 392.60 bp
含有 1 个微卫星位点。不同重复类型微卫星表现为二碱基 (47.63%) >

单碱基 (32.90%) >三碱基 (13.63%) >四碱基 (4.26%) >五碱基 (1.04%) >
资助项目：国 家 自 然 科 学 基 金
六碱基 (0.53%)。 (32072966)

【结论】许氏平鲉和褐菖鲉的不同重复类型微卫星表现相同。随着微 收稿日期：2023-07-17
卫星序列扩增长度的增加，两种鱼类核苷酸出现的频次整体呈逐渐下 修回日期：2023-10-17

降的趋势。本研究对许氏平鲉和褐菖鲉全基因组微卫星分布规律进行 文章编号：
1000-0615(2025)05-059103-12
了比较分析，为今后两种鱼类种群遗传结构和遗传多样性等研究奠定 中图分类号：S 917.4
文献标志码：A
了基础。
关键词: 许氏平鲉；褐菖鲉；全基因组；微卫星；特征分析 作者声明本文无利益冲突

© 《水产学报》编辑部(CC BY-NC-ND 4.0)
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微卫星又称为简单重复序列 (SSRs)，一般由 1~6 个碱基串联重复 Fisheries of China (CC BY-NC-ND 4.0)

而成，广泛分布于真核生物和原核生物的基因组中 。微卫星包括核
[1]
心序列和侧翼序列两部分，利用微卫星侧翼序列的保守性及核心序列
的高突变性、拷贝丰富性设计引物，对基因组 DNA 进行 PCR 扩增，
可探究物种内微卫星位点的多态性 [1-3] 。微卫星具有杂合率高、共显性
遗传等特点，已被广泛应用于物种遗传多样性分析、亲缘关系鉴定 [4-5] 、
性别标记筛选及遗传图谱构建 [6-7] 等研究。近年来，已有关于瓦氏黄颡
[9]
[8]
鱼 (Pelteobagrus vachelli) 、草鱼 (Ctenopharyngodon idella) 、斑点叉
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