Page 218 - 《水产学报》2023年第1期

水产学报, 2023, 47(1): 019417

JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA
DOI: 10.11964/jfc.20211013127

液相芯片“黄海芯 1 号”在凡纳滨对虾急性肝胰腺

坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用

2
2
2
2
1,2
刘绵宇 ， 李旭鹏 ， 孔 杰 ， 孟宪红 ， 陈美佳 ， 罗 坤 ， 隋 娟 ，
2
2
2
2
2
2
2
代 平 ， 张雅文 ， 强光峰 ， 谭 建 ， 陈宝龙 ，
2
3
1
曹家旺 ， 李波波 ， 赖晓芳 ， 栾 生 2*
(1. 江苏海洋大学海洋科学与水产学院，江苏省海洋生物资源与环境重点实验室/
江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏 连云港 222005；
2. 中国水产科学研究院黄海水产研究所，农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室 海洋科学与
技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室，山东 青岛 266071；
3. 邦普种业科技有限公司，山东 潍坊 261312)
摘要：为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值，实验对凡纳滨对虾 3 个群体
(EE、PP 和 SS) 进行急性肝胰腺坏死病 (AHPND) 副溶血弧菌 (Vp AHPND ) 侵染实验，利用自
主研发的 40K SNP 液相芯片“黄海芯 1 号”获得 146 尾个体的基因型信息，对群体遗传背景
进行了系统调查并估算了 AHPND 抗性遗传力。Vp AHPN D 浸染实验结果显示，不同群体间
存在抗病差异，PP 群体的存活性能比 EE 和 SS 群体分别高出 12.9% 和 11.6%。利用质控
后的 38 148 个 SNP 信息构建系统进化树，结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一
起，进而同属一个群体的多个家系聚在一起。主成分和遗传结构分析显示，可以准确地将
146 尾个体划分为 3 个组，与系统进化树聚类结果一致。遗传多样性分析显示，3 个群体
的观测杂合度 (H ) 平均值为 0.25~0.29，多态信息含量 (PIC) 平均值为 0.20~0.23，上述遗
o
传参数达到极显著水平。3 个群体间的遗传分化系数 (F ) 为 0.11~0.21，存在中高度遗传
ST
分化。基因组近交分析表明，EE、PP 和 SS 群体的近交系数均值分别为−0.05±0.06、
0.20±0.09 和 0.37±0.07，后 2 个群体内部分个体表现出较高的近交水平。使用 ssGBLUP-
MF (Single Step Genomic BLUP with Metafounders) 模型，复合基因型、表型和系谱信息，
获得 Vp AHPN D 侵染后存活状态的遗传力估计值为 0.24±0.07，表现为中等水平，表明基础群
体具有较好的选育潜力。研究表明，利用液相芯片“黄海芯 1 号”开展辅助育种，可以进一
步提高基础群体构建和评估的效率。
关键词: 凡纳滨对虾；基础群体；AHPND；育种芯片；遗传多样性
中图分类号: S 941 文献标志码: A

收稿日期：2021-10-24 修回日期：2022-01-02
资助项目：所级基本科研业务费项目 (20603022020003)；中国水产科学研究院科技创新团队项目 (2020TD26)；山
东省农业重大应用技术创新项目 (SD2019YY001)；海南省院士创新平台科研专项 (YSPTZX202104)；
湛江市海洋装备与海洋生物揭榜挂帅制人才团队项目 (2021E05032)；现代农业产业技术体系专项
(CARS-48)
第一作者：刘绵宇 (照片)，从事对虾遗传育种研究，E-mail：liu.mianyu@foxmail.com
通信作者：栾生，从事对虾遗传育种研究，E-mail：luansheng@ysfri.ac.cn
版权所有 ©《水产学报》编辑部（CC BY-NC-ND 4.0） Copyright © Editorial Office of Journal of Fisheries of China (CC BY-NC-ND 4.0)
中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
1