Page 81 - 《渔业研究》2026年第1期

78 渔 业 研 究 第 48 卷

表 5 8 种水产养殖抗菌药物对病原菌 HD4 的抑菌结果
Tab. 5 Inhibition results of eight aquatic antibacterial agents against pathogenic strain HD4
抗菌药物 盐酸多西环素 硫酸新霉素 磺胺甲噁唑+ 磺胺间甲嘧啶钠
恩诺沙星
氟甲喹
甲砜霉素
氟苯尼考
Antimicrobial Doxycycline Neomycin Enrofloxacin Flumequine Thiamphenicol Florfenicol 甲氧苄啶 Sulfamonomethoxine
agents hyclate sulfate SMZ+TMP sodium
最小抑菌浓度/
（μg/mL） ND ND 0.015 0.125 0.25 0.25 0.06/1.20 1
MIC
注：ND 表示无耐药临界值；SMZ. 磺胺甲噁唑；TMP. 甲氧苄啶。
Notes: ND indicates no drug resistance threshold; SMZ. Sulfamethoxazole; TMP. Trimethoprim.

2.7 基因组测序分析 [R] 仅为一般功能预测，基因数目达 468 个；[K]
2.7.1 基因组 转录的基因数目为 425 个，包含 RNA 聚合酶及转
病原菌 HD4 基因组圈图如图 5 所示。其基因 录调控相关蛋白，负责 DNA 遗传信息向 RNA 的
组的大小为 3 617 517 bp，GC 含量平均值为 44.42%， 转录，在遗传信息传递中作用关键；[G] 碳水化合
基因总长度为 6 243 164 bp，最大长度为 3 617 517 bp。 物转运与代谢有 400 个基因；重要代谢类 [C] 能
直系同源簇（Cluster of orthologous group，COG） 量产生与转化含 278 个基因；[M] 细胞壁/细胞膜/
功能分类为 [L]~[B]，占比突出的核心功能类别： 包膜生物发生有 235 个基因。

0 kb
3 500 kb 3 600 kb 100 kb
3 400 kb 100 200 kb
3 300 kb 80 60 40 20 0 300 kb
150 250 200 100 50 400 kb
3 200 kb 0
[L] 复制、重组与修复 Feplication, recombination and repair
[O] 翻译后修饰、蛋白质周转、分子伴侣 Posttranslational modification, protein turnover, chaperones 3 100 kb 500 kb
[E] 氨基酸转运与代谢 Amino acid transport and metabolism
[J] 翻译、核糖体结构与生物发生 Translation, ribosomal structure and biogenesis 600 kb
[S] 功能未知 Function unknown 3 000 kb
[K] 转录 Transcription 700 kb
[C] 能量产生与转化 Energy production and conversion 2 900 kb
[I] 脂质转运与代谢 Lipid transport and metabolism
[P] 无机离子转运与代谢 Inorganic ion transport and metabolism 800 kb
[V] 防御机制 Defense mechanisms 2 800 kb Sample ID: HD4_1. Chrom1
[M] 细胞壁/细胞膜/包膜生物发生 Cell wall/membrane/envelope biogenesis Contig name: Chrom1
[R] 仅一般功能预测 General function prediction only 900 kb
[N] 细胞运动性 Cell motility 2 700 kb Genome size: 3 617 517 bp
[T] 信号转导机制 Signal transduction mechanisms n. Contig shown: 1 1 000 kb
[H] 辅酶转运与代谢 Coenzyme transport and metabolism 2 600 kb
[U] 细胞内运输、分泌与囊泡运输 Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport
[F] 核苷酸转运与代谢 Nucleotide transport and metabolism 1 100 kb
[G] 碳水化合物转运与代谢 Carbohydrate transport and metabolism 2 500 kb
[D] 细胞周期调控、细胞分裂、染色体分配 Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning
[A] RNA加工与修饰 RNA processing and modification 2 400 kb 1 200 kb
[Q] 次生代谢物生物合成、转运与分解代谢 Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism
[B] 染色质结构与动态 Chromatin structure and dynamics 2 300 kb 1 300 kb
1 400 kb
2 200 kb
1 500 kb
2 100 kb
Chrom1 1 600 kb
1 700 kb
2 000 kb
1 900 kb
1 800 kb
图 5 病原菌 HD4 基因组圈图
Fig. 5 Genome circle map of pathogenic strain HD4
注：最外圈是基因组序列位置坐标，由外圈到里圈分别为：正链基因、负链基因、ncRNA（黑色表示 tRNA，红色表示
rRNA） 、GC 含量（红色表示大于均值，蓝色表示小于均值） 、GC skew[GC 偏移，用来衡量 G 和 C 碱基的相对含量，用于
环状染色体中标记起点和终点；GC skew=（G-C）/（G+C） ；紫色表示大于 0，橘黄色表示小于 0]。
Notes: The outermost circle is the position coordinates of the genome sequence, from the outer circle to the inner circle: positive
and negative genes, ncRNA (black means tRNA, red means rRNA), GC content (red means greater than mean, blue means less than
mean), GC skew [GC offset, used to measure the relative content of G and C, used to mark the start and end points in circular
chromosomes; GC skew=(G-C)/(G+C); purple is greater than 0 and orange is less than 0].

2.7.2 毒力基因 tapT 等，其中列举 26 种相关毒力因子，如表 6 所示。
通过全基因组测序分析，病原菌 HD4 基因组 2.8 毒力基因验证
在 VFDB 数据库注释到 369 个基因片段，对应 49 通过毒力基因检测（图 6）结果显示，电泳检
种毒力基因，包括 SRH 裂解酶基因 luxS、脂蛋白 测 PCR 产物证明了病原菌 HD4 含有 SRH 裂解酶
基因 llpA、趋化性蛋白基因 cheW 和 cheY、GDP-甘 基因 luxS、脂蛋白基因 llpA、趋化性蛋白基因 cheW
露糖-6-磷酸异构酶基因 gmhA/lpcA、脂多糖相关酶 和 cheY、GDP-甘露糖-6-磷酸异构酶基因 gmhA/lpcA、
基因 kdsA、鞭毛蛋白基因 fliM、酪氨酸激酶基因 脂多糖相关酶基因 kdsA、鞭毛蛋白基因 fliM、酪氨