Page 114 - 《渔业研究》2025年第6期

第 6 期 郭 香等： 基于 COⅠ基因的菲律宾蛤仔养殖与野生群体遗传多样性分析 805

with arithmetic means， UPGMA） 构 建 系 统 发 育 或者颠换。对野生和养殖群体分别进行分析，3 个
树，各分支的支持率均用 1 000 次自举法检验。运 野生群体的 COⅠ基因序列包含 45 个变异位点，占
用 ARLEQUIN v3.5 软 件 [13] 中 的 分 子 变 异 分 析 总变异位点的 71.4%，其中 23 个为单变异位点。2 个
（Analysisof molecular variance，AMOVA）方法估 养殖群体的 COⅠ基因序列包含 31 个变异位点，占
算遗传变异（组间方差 Φ 、组内群体间 Φ S C 及群 总变异位点的 49.2%，其中 10 个为单变异位点。
CT
体内 Φ ）在群体内和群体间的分布，并计算群体 在 5 个菲律宾蛤仔群体中，检测到高水平的遗
ST
间遗传距离（F-statistics，F ）及其显著性（P<0.01， 传多样性（表 1） ，单倍型多样性（Hd）为 0.880~
st
显著） ，重复次数设置为 10 000 次。由 DnaSP 软 0.938，核苷酸多样性（π）为 0.001~0.010，核苷酸
件输出单倍型文件，利用 POPART 软件 [14] 构建中 差异数（k）为 3.77~6.19。其中，野生群体的单倍
介邻接网络算法（Median joining network，MJN） 型多样性指数为 0.905~0.938，核苷酸多样性为
以分析单倍型之的关系，绘制基于 COⅠ单倍型 0.005~0.010，核苷酸差异数为 3.77~6.19。2 个养殖
之间的谱系关系的网络图。本研究中的核苷酸序 菲律宾蛤仔群体的单倍型多样性为 0.880~0.902，
列 数 据 在 GenBank 中 的 序 列 号 为 ： MN393298~ 核苷酸多样性为 0.001~0.006，核苷酸差异数为 3.80~
MN393459。 3.85。单倍型多样性指数大于 0.9 的群体有 4 个，
包括 3 个野生群体和云霄养殖群体。核苷酸多样性
2 结果
指数最高的群体为朝鲜海州群体，其 π 值为 0.010；
2.1 群体遗传多样性 2 个朝鲜野生群体的核苷酸差异数均在 4.0 以上。
COⅠ基因序列经过组装分析、比较确认，除 通过比较 2 个养殖群体的单倍型多样性和核苷酸多
去引物和部分序列，最终得到长度为 646 bp 的基 样性，可知云霄群体均略高于东山群体。这些结果
因片段，变异位点为 63 个，占总位点数的 9.8%， 表明，菲律宾蛤仔野生群体的遗传多样性的丰富程
其中简约信息位点 34 个、单变异位点 29 个。变异 度显著高于养殖群体，其中 2 个朝鲜野生群体的遗
位点中，没有检测到插入和缺失变异，全部为转换 传多样性程度最高。

表 1 基于 COⅠ基因的 5 个菲律宾蛤仔群体的遗传多样性参数
Tab. 1 Summary of genetic diversity indices of 5 populations of R. philippinarum based on COⅠ gene
地点
Locality 样本数目 N 单倍型数 n 单倍型多样性 Hd 核苷酸差异数 k 核苷酸多样性 π
云霄 YX（23°56'N、117°23'E） 30 18 0.902 3.85 0.001
东山 DS（23°40'N、117°17'E） 37 17 0.880 3.80 0.006
莱州 LZ（37°02'N、119°69'E） 15 11 0.905 3.77 0.005
南浦 NP（38°43'N、125°25'E） 40 18 0.919 4.05 0.006
海州 HJ（38°02'N、126°36'E） 40 21 0.938 6.19 0.010
总计 Total 162 59 0.942 5.19 0.008

在所有的样品中，63 个多态性位点定义了 11 和 9 个独享单倍型。在全部群体中，单倍型数
59 个单倍型，其分布频率见表 2。其中，群体独享 量众多，但是未观测到占绝对优势的单倍型，其分
单倍型共 42 个，占单倍型总数的 71.2%；17 个单倍 布相当分散，显示出菲律宾蛤仔具有很高的单倍型
型被两个或者多个群体所共享。最大单倍型 Hap 4 多样性。
分布在除莱州群体外的 4 个群体的 25 个个体中，占 2.2 群体遗传结构
总样本数的 15.4%（25/162） 。仅 2 个单倍型 Hap 2 经 邦 弗 朗 尼 校 正 后 ， 两 两 群 体 间 的 F 为
t
s
（14.8%，24/162）和 Hap 3（4.9%，8/162）在 5 个 0.052~0.300，群体间 F 最大的是东山与海州群体
t
s
群体中均被观测到；第三大单倍型 Hap 13（7.4%， （表 3） 。2 个养殖群体间的 F 为 t 0.052，且遗传
s
12/162）被 2 个养殖群体共享。2 个养殖群体共有 分化不显著（P=0.036>0.01） 。野生群体两两间的
t
22 个单倍型，占单倍型总数的 37.3%，而东山和云 的遗传分化均达到极显著水平（P<0.01） ，F 介
s
霄群体分别仅有 4 和 5 个独享单倍型。朝鲜的海州 于 0.126~0.197；中国莱州群体与 2 个朝鲜群体的
和南浦、中国的莱州 3 个野生群体共有 41 个单倍 F 一样大，均为 0.197。养殖群体和野生群体间的
t
s
型 ， 占 单 倍 型 总 数 的 69.5%， 并 且 分 别 有 13、 F 介于 0.072~0.300 之间，其中莱州群体与 2 个养
t
s