Page 24 - 《水产学报》2025年第5期
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郑卫卫，等                                                                 水产学报, 2025, 49(5): 059102

              的遗传性别，因此，开发圆斑星鲽雌性特异                              外，Suda 等   [24]  通过分析  15  尾雄性和    16  尾雌性
              DNA  分子标记、建立圆斑星鲽遗传性别快速鉴                          太平洋蓝鳍金枪鱼         (Thunnus orientalis) 的重测序
              定方法，通过性别控制提高圆斑星鲽养殖群体                             数据，鉴定出       250  个雄性特异     SNP  标记。这些
              的雌性比例，乃至研制出圆斑星鲽全雌苗种，                             新兴技术尤其是全基因组重测序技术，为更加
              是推动圆斑星鲽养殖产业健康可持续发展的有                             快速、准确和有效地鉴定性别特异分子标记提
              效途径。                                             供了重要技术支撑。
                   在圆斑星鲽性别特异分子标记筛选和遗传                              近年来，随着基因组测序和组装技术的发
              性别鉴定方面，Ma 等 通过使用扩增片段长度                           展，在圆斑星鲽基因组研究方面取得了重要进
                                   [3]
              多态性     (amplified fragment length polymorphism,  展。Zhao  等 [25]  结合单管长片段测序        (single tube
                                                               long fragment read, stLFR) 和高通量染色体构象
              AFLP) 技术对圆斑星鲽进行基因组扫描，筛选
                                                               捕 获 技 术  (high-through chromosome   conforma-
              出了圆斑星鲽雌性特异              AFLP  标记。但     AFLP
                                                               tion capture, Hi-C) 组装获得了第一个圆斑星鲽
              标记具有显性的遗传特性，在实际鉴定中有可
                                                               单倍体雌鱼基因组序列，其大小为                     556 Mb，
              能会出现假阴性。另外，AFLP               标记费用昂贵，
                                                               contig N50  为  79.8 kb。Xu  等 [26]  利用  Illumina 和
              对  DNA  的纯度和内切酶的质量要求很高，难以
                                                               PacBio  测序相结合的方法，组装获得了                545.34
              实现在养殖现场简易实验条件下的快速检测。
                                                               Mb  的高质量圆斑星鲽单倍体雄鱼基因组序列，
              因此，开发圆斑星鲽性别特异                DNA  分子标记、
                                                               其中  99.91%  的  contig  挂载到了  23  条染色体上，con-
              建立准确快速鉴定圆斑星鲽遗传性别的方法是
                                                               tig N50  达到  15.16 Mb。此外，为了探究圆斑星
              圆斑星鲽性别控制研究和全雌苗种培育的迫切                                                     [27]
                                                               鲽性染色体的起源，Xu           等    成功组装出了长度
              需求。
                                                               为  20.48 Mb  的圆斑星鲽     W  染色体，并对圆斑
                   自  20  世纪  90  年代以来，使用传统的分子
                                                               星鲽常染色体和        Z  染色体组装水平进行了优化，
              标记技术已在多种鱼类中鉴定出性别特异分子
                                                               最终获得了包含         24  条染色体    (22  条常染色体+
              标记，如随机扩增多态性               DNA (random ampli-
                                                               W  染色体+ Z   染色体) 的     543.54 Mb  的染色体水
              fied polymorphic DNA, RAPD) 标记  [5-7] 、AFLP  标
                                                               平 圆 斑 星 鲽 基 因 组 序 列       (GCA026259375.1)，
              记  [8-10] 、简单序列重复 (simple sequence repeats,
                                                               其  contig N50  达到  22.76 Mb。这些基因组序列
              SSR) 标记   [11-12]  等。近年来，随着高通量测序技
                                                               的获得为圆斑星鲽性别特异              DNA  分子标记的开
              术的发展，多种新的技术已被广泛用于鱼类性
                                                               发和性别决定机制研究奠定了重要基础。
              别特异分子标记的开发，如双酶切限制性位点                                 本研究以      Xu  等  [27]  组装获得的高质量圆斑
              相关   DNA  测序   (double digest restriction site-asso-  星鲽基因组序列   (GCA026259375.1) 为基础，通
                                               [13]
              ciated DNA sequencing, ddRAD-seq) 、限制性           过对   17  尾雄性和    17  尾雌性圆斑星鲽进行全基
              酶切位点相关         DNA 测序    (RAD-seq) [14-15] 、Ⅱ B  因组重测序和数据分析，筛选出大量圆斑星鲽
              型 限 制 性 酶 切 位 点 相 关      DNA  测 序   (2b RAD-
                                                               Z  染色体和    W  染色体同源且        W  染色体特异性
              seq) [16-18] 、 数 量 性 状 座 位 定 位  (quantitative trait  插入的差异   DNA  片段。然后，经过          2  轮  PCR
                       [19]
              loci, QTL) 、2b-RAD   结合   QTL  分析  [20]  等。此     扩增验证，最终鉴定出            1  个雌性特异    DNA  分子
              外，全基因组测序或重测序技术也已被广泛用                             标记，并建立了一种快速、准确、操作简单的
              于鱼类性别特异         DNA  分子标记的开发。例如，                 圆斑星鲽遗传性别鉴定方法。雌性特异                    DNA  分
              Li 等 [21]  通过对斑石鲷    (Oplegnathus punctatus) 雌   子标记的开发和遗传性别快速鉴定方法的建立，
              性和雄性个体基因组进行比较分析，鉴定出一                             不仅为圆斑星鲽性别决定机制研究奠定了重要
              个插入片段大小为          18 bp  的雄性特异     DNA  分子       理论基础，而且有助于圆斑星鲽全雌苗种培育
              标记。Du     等 [22]  利用全基因组重测序技术，在大                 技术的发展和建立。

              口黑鲈    (Micropterus salmoides) 中鉴定出多个雄
              性特异    SNP  和  Indel 标记。此外，Lin     等  [23]  通过   1    材料与方法
              对比分析大黄鱼         (Larimichthys crocea) 雌性和雄
              性个体的基因组重测序数据，鉴定出一个长度                             1.1    实验对象、DNA     提取和测序
              为  15 bp  的雄性特异性缺失        DNA  分子标记。此                本实验中用于基因组重测序的圆斑星鲽来

              https://www.china-fishery.cn                           中国水产学会主办    sponsored by China Society of Fisheries
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