Page 169 - 《水产学报》2023年第1期

刘杨，等 水产学报, 2023, 47(1): 019612

计算基于 G 矩阵的 242 个基因分型个体间的基因 矩阵获得 P686 数据集 Vp AHPN D 侵染后存活时间的
组亲缘系数，预测基因分型个体的 GEBV，然后 遗传力估计值 (0.79) 最高。
计算 8 个低密度 SNP 面板与 55.0 K SNP 芯片数据
2.3 基于 55.0 K SNP 芯片和较低密度 SNP 面
间基因组亲缘关系、GEBV 的 Pearson 相关系数。
板获得的 EBV(GEBV) 预测准确性
2 结果 基于 55.0 K SNP 芯片获得的 EBV(GEBV)

预测准确性 利用 GBLUP 和 ssGBLUP 方法，
2.1 表型数据描述性统计参数
通过交叉验证获得凡纳滨对虾基因分型个体和表
凡纳滨对虾测试个体 Vp AHPN D 侵染后存活时 型测定个体 Vp D 侵染后存活时间 GEBV 的预
间的描述性统计参数见表 1。全部表型测定个体 AHPN
测准确性 (图 1，图 2)。针对 G242 数据集，利用
数量为 686 尾，平均存活时间为 456.49 h，变异系
BLUP、GBLUP 和 ssGBLUP 方法获得的预测准确
数为 75.38%；26 个家系平均存活时间为 470.03 h，
性分别为 0.424、0.450 和 0.452，GBLUP 和 ssGB-
变 异 系 数 为 42.02%。 基 因 型 分 体 个 体 数 量 为
LUP 比 BLUP 提升了 6.13% 和 6.60%。针对 P686
243 尾，平均存活时间为 485.55 h，变异系数为
数据集，利用 BLUP 和 ssGBLUP 方法获得的预测
70.73%；26 个家系平均存活时间为 488.16 h，变
准确性分别为 0.510 和 0.535，后者比前者提升了
异系数为 42.69%。家系间存活时间变异幅度远小
4.90%。在 G242 和 P686 数据集中，利用基因组
于个体间的变异幅度。
信息均可进一步提升 EBV(GEBV) 的预测准确性。
2.2 方差组分和遗传参数
与 G242 数据集相比，使用 P686 数据集后，
基于不同亲缘关系矩阵获得的凡纳滨对虾 BLUP 和 ssGBLUP 的 预 测 准 确 性 分 别 提 升 了
Vp AHPN D 侵染后存活时间的方差组分与遗传力估 20.28% 和 18.36%。这表明，在 242 尾基因分型个
计值 (表 2)。其中，基于 G 矩阵获得 G242 数据 体表型信息基础上加入未分型个体的表型信息，
集 Vp AHPN D 侵染后存活时间的遗传力估计值 (0.68) 能够进一步提升预测准确性。
最低；基于 H 矩阵获得 P686 数据集 Vp D 侵染 基于较低密度 SNP 面板获得的 EBV (GEBV)
AHPN
后存活时间的遗传力估计值 (0.75) 居中；基于 A 预测准确性 利用 GBLUP 和 ssGBLUP 方法，

表 1 凡纳滨对虾 Vp AHPN 侵染后存活时间的描述性统计参数
D
Tab. 1 Descriptive statistical parameters of survival time after Vp AHPND infection in L. vannamei

存活时间/h
数据集 个体/家系 数量/尾 survival time
data set individual/family no. 均值 最小值 最大值 标准差 变异系数/%
mean min max standard deviation coefficient of variation
表型测定个体 个体 686 456.49 8.00 1 010 344.11 75.38
phenotypic individuals individual
家系 26 470.03 56.73 803.29 197.50 42.02
family
基因分型个体 个体 243 485.55 8.00 1 010 343.42 70.73
genotyped individuals individual
家系 26 488.16 86.90 909.56 208.40 42.69
family

表 2 基于不同亲缘关系矩阵的凡纳滨对虾 Vp AHPN 侵染后存活时间的方差组分与遗传力
D
Tab. 2 Variance components and heritability of survival time after Vp AHPND infection in
L. vannamei based on different relationship matrices
亲缘关系矩阵 加性遗传方差 残差方差 表型方差 遗传力
relationship matrix additive genetic variance residual variance phenotypic variance heritability
A 107 192.19 28 021.66 135 213.85 0.79±0.15
G 87 047.53 40 164.72 127 212.25 0.68±0.13
H 98 451.91 32 323.67 130 775.58 0.75±0.11

https://www.china-fishery.cn 中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries
4