Page 166 - 《水产学报》2023年第1期

水产学报, 2023, 47(1): 019612

JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA
DOI: 10.11964/jfc.20221113779

基于不同密度 SNP 面板的凡纳滨对虾 AHPND 抗性

基因组预测准确性分析

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1,2
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刘 杨 ， 栾 生 ， 刘绵宇 ， 李旭鹏 ， 孟宪红 ， 罗 坤 ， 隋 娟 ，
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谭 建 ， 代 平 ， 曹家旺 ， 陈宝龙 ， 孔 杰 2*
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(1. 湖州师范学院生命科学学院，浙江 湖州 313000；
2. 中国水产科学研究院黄海水产研究所，农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室，海洋科学与技术试点
国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室，山东 青岛 266071)
摘要：为评估不同 SNP 标记密度对凡纳滨对虾 AHPND 抗性基因组预测准确性的影响，本
实验对 26 个全同胞家系进行 Vp AHPN D 侵染，收集 686 尾个体的存活时间数据，对其中
242 尾个体利用液相芯片“黄海芯 1 号” (55.0 K SNP) 进行基因分型，基于 A、G 和 H 亲缘
关系矩阵估计 Vp AHPN D 侵染后存活时间的遗传参数；采用随机和等距抽取方式，基于 55.0
K SNP 构建了 8 个低密度 SNP 面板 (40.0、30.0、20.0、10.0、5.0、1.0、0.5 和 0.1 K)，利
用 GBLUP 和 ssGBLUP 等方法预测 Vp AHPN D 侵染后存活时间的基因组育种值，利用交叉验
证方法计算其预测准确性，并与 BLUP 方法进行对比分析。遗传参数估计结果显示，
Vp AHPN D 侵染后存活时间表现为高遗传力水平，估计值为 0.68~0.79。在 55.0 K SNP 密度下，
针对 242 尾基因分型个体数据集 (G242)，利用 BLUP、GBLUP 和 ssGBLUP 方法获得的预
测准确性分别为 0.424、0.450 和 0.452，GBLUP 和 ssGBLUP 比 BLUP 分别提升了 6.13%
和 6.60%；针对 686 尾表型测定个体数据集 (P686)，利用 BLUP 和 ssGBLUP 方法获得的预
测准确性分别为 0.510 和 0.535，后者比前者提升了 4.90%。对于 8 个低密度 SNP 面板，
当 SNP 密度≥10.0 K 时，基因组预测准确性变化幅度在 G242 和 P686 数据集中均较小
(1.1%~1.8%)；随着 SNP 密度自 10.0 K 不断降低，基因组预测准确性在 2 个数据集中也不
断降低，其中 5.0 K 密度降幅为 0.6%~2.6%、1.0 K 密度降幅为 5.8%~11.0%、0.5 K 密度降
幅为 11.4%~17.2%、0.1 K 密度降幅为 38.8%~41.6%。10.0 K 与 55.0 K SNP 密度间基因组亲
缘系数、GEBV 的相关系数均高于 0.99，表明利用 10.0 K SNP 面板可以准确地预测同胞个
体间的亲缘关系及其 GEBV。研究表明，使用 10.0 K SNP 面板对 Vp AHPN D 侵染后存活时间
进行基因组遗传评估可以得到与 55.0 K SNP 芯片近似的预测准确性，为低密度 SNP 分型
芯片设计提供了参考。
关键词: 凡纳滨对虾；AHPND；低密度 SNP 面板；基因组预测准确性
中图分类号: S 961.6 文献标志码: A

收稿日期：2022-11-01 修回日期：2022-12-15
资助项目：国家重点研发计划 (2022YFD2400202)；中国水产科学研究院科技创新团队项目 (2020TD26)；海南省
院士创新平台科研专项 (YSPTZX202104)；恒兴南美白对虾育种中心 (2021E05032)；现代农业产业技
术体系专项 (CARS-48)
第一作者：刘杨 (照片)，从事对虾遗传育种研究，E-mail：740107180@qq.com
通信作者：孔杰，从事水产遗传育种研究，E-mail：kongjie@ysfri.ac.cn
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