Page 172 - 《水产学报》2023年第1期

刘杨，等 水产学报, 2023, 47(1): 019612

研究结果相同。在大西洋鲑海虱抗性的基因组选 Ministry of Agriculture and Rural Affairs of the People’s
择 研 究 中 ， 当 标 记 密 度 从 33.0 K 降 低 至 5.0 K Republic of China. National Fisheries Technology
时，GBLUP 方法的预测准确性几乎没有变化 [19] 。 Extension Center, China Society of Fisheries. China fish-
在虹鳟细菌冷水病抗性的基因组遗传评估研究中， ery statistical yearbook in 2022[M]. Beijing: China Agri-
当标记密度由 35.0 K 降低至 3.0 K 时， BayesB 方 culture Press, 2022 (in Chinese).
法的预测准确性仅降低了 7% 。在奶牛的基因组 [ 3 ] Soto-Rodriguez S A, Gomez-Gil B, Lozano-Olvera R, et
[20]
遗传评估研究中，研究学者发现当 SNP 标记密度 al. Field and experimental evidence of Vibrio parahae-
达到一定程度后，增加更多的标记并不能取得更 molyticus as the causative agent of acute hepatopancre-
大的遗传进展 [33-35] 。分析其原因，推测主要有以 atic necrosis disease of cultured shrimp (Litopenaeus
下两点：第一，利用当前标记密度已经可以准确 vannamei) in Northwestern Mexico[J]. Applied and
地区分同胞个体间的亲缘关系，如在本实验中， Environmental Microbiology, 2015, 81(5): 1689-1699.
基于 10.0 K 与 55.0 K SNP 芯片获得的 2 组基因组 [ 4 ] Han J E, Tang K F, Tran L H, et al. Photorhabdus insect-
亲缘系数间的相关系数高达 0.996 0±0.000 2；第 related (Pir) toxin-like genes in a plasmid of Vibrio para-
二，利用当前标记密度已经可以准确地预测同胞
haemolyticus, the causative agent of acute hepatopancre-
个体的 GEBV，如在实验中，基于 10.0 K 与 55.0 K
atic necrosis disease (AHPND) of shrimp[J]. Diseases of
SNP 芯片获得的 2 组 GEBV 间的相关系数高达
Aquatic Organisms, 2015, 113: 33-40.
0.998 0±0.001 1。此外，为了进一步降低成本，可
[ 5 ] 郝景伟, 高保全, 王崇, 等. 致急性肝胰腺坏死病副溶
以将 SNP 密度降低至 5.0 K，此时 GBLUP 的预测
血弧菌(Vp AHPND )自然感染三疣梭子蟹[J]. 水产学报,
准确性仍然高于 BLUP 方法。
2019, 43(7): 1647-1660.
4 结论 Hao J W, Gao B Q, Wang C, et al. Natural infection of
Portunus trituberculatus with acute hepatopancreas nec-
在凡纳滨对虾 AHPND 抗性的遗传评估中加 rosis disease causing by Vibrio parahaemolyticus
入覆盖基因组的液相芯片“黄海芯 1 号”55.0 K (Vp AHPND )[J]. Journal of Fisheries of China, 2019, 43(7):
SNP 标记信息，可以进一步增加选择的准确性。 1647-1660 (in Chinese).
当 SNP 标记密度保持在 10.0 K 及以上时，基因组 [ 6 ] 孙明玉, 冯博, 张昭寰, 等. 引起凡纳滨对虾急性肝胰
预测的准确性未发生明显变化；当 SNP 标记密度 腺坏死病的副溶血弧菌MLST新序列型[J]. 水产学报,
低于 10.0 K 时，基因组预测的准确性随着 SNP 密 2018, 42(3): 410-418.
度的降低而降低。利用 10.0 K SNP 面板可以较为 Sun M Y, Feng B, Zhang Z H, et al. New sequence type
准确地预测同胞个体间的亲缘关系及其 GEBV， isolates of AHPND-causing Vibrio parahaemolyticus
因此，利用 10.0 K SNP 面板对 Vp AHPN D 侵染后存 from Litopenaeus vannamei by multilocus sequence typ-
活时间进行基因组遗传评估，可以得到与 55.0 K ing[J]. Journal of Fisheries of China, 2018, 42(3): 410-
SNP 芯片近似的预测准确性。 418 (in Chinese).

[ 7 ] Wang Q C, Yu Y, Zhang Q, et al. Evaluation on the gen-
（作者声明本文无实际或潜在的利益冲突） omic selection in Litopenaeus vannamei for the resist-
ance against Vibrio parahaemolyticus[J]. Aquaculture,
参考文献 (References)： 2019, 505: 212-216.
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国农业出版社, 2022. [10] 唐扬, 孟小菲, 沈瑞福, 等. 凡纳滨对虾家系选育的研
中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
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