Page 131 - 《水产学报》2023年第1期

郑卫卫，等 水产学报, 2023, 47(1): 019109

表 2 大菱鲆 MKK 重复基因对的 Ka/Ks 值 家族成员在进化上是高度保守的。
Tab. 2 The Ka/Ks ratios of duplicated MKK genes in
2.6 SmMKKs 组织表达模式分析
S. maximus
利用 NCBI 公开的转录组数据，分析了 Sm-
重复基因对 非同义替换率 同义替换率
duplicated gene pairs Ka Ks Ka/Ks MKKs 在 12 个不同组织中的表达模式。SmMKKs
SmMKK2a-SmMKK2b 0.082 682 1.946 531 0.042 476
在所有组织中均广泛表达，其中在脑、精巢、肾
SmMKK4a-SmMKK4b 0.089 982 0.861 878 0.104 402
脏和胸腺中的表达量较高，在肌肉、肝脏、脾脏
SmMKK6a-SmMKK6b 0.098 695 1.571 141 0.062 817
和血液中的表达量较低 (图 6)。另外，SmMKKs 存
在明显的组织特异性表达，如 SmMKK1 在脑中的
有相似的功能。另外，每个亚家族都有其特有的
表达量及 SmMKK4b 在精巢中的表达量明显高于
保守 motif，例如 motif 9 只存在于 MKK1/2 亚家
其他组织。
族中，motif 11 只存在于 MKK4 亚家族中，说明
不同亚家族之间在功能上可能存在差异。 2.7 SmMKKs 在生物应激下的表达模式分析
氨基酸多重序列比对结果显示，SmMKKs 含 为了探究 SmMKKs 对生物应激的响应，实验
有 多 个 MKK 基 因 家 族 保 守 的 motif (图 5)， 如 利用粘孢子虫感染的血液转录组数据和肿大细胞
GxGxxGxV motif、AxK motif、HRDxKPSN motif、 病毒感染的肾脏转录组数据分析了 SmMKKs 在粘
DFG/APE motif、DxWxxG motif，表明 MKK 基因 孢子虫和肿大细胞病毒感染应激下的表达模式

表 3 大菱鲆 MKK 蛋白的二级结构
Tab. 3 Secondary structure information of MKK proteins in S. maximus
基因名字 α-螺旋/% 延伸链/% β-转角/% 无规则卷曲/%
gene name alpha helix extended strand beta turn random coil
SmMKK1 44.56 11.14 3.54 40.76
SmMKK2a 43.36 10.53 3.51 42.61
SmMKK2b 42.53 10.38 2.78 44.30
SmMKK4a 36.24 12.16 2.98 48.62
SmMKK4b 39.27 10.98 4.39 45.37
SmMKK5 37.11 17.11 5.11 40.67
SmMKK6a 37.99 13.13 4.75 44.13
SmMKK6b 45.54 13.39 5.36 35.71
SmMKK7 43.28 11.85 3.42 41.46
平均 average 41.10 12.30 3.98 42.63

Motif 11
SmMKK4b 11 3 2 12 6 1 8 4 7 5 Motif 3 外显子
100 Motif 2
Motif 12 exon
81 SmMKK4a 11 3 2 12 6 1 8 4 7 5 Motif 6
Motif 1
SmMKK7 3 2 6 1 8 4 7 5 Motif 8 内含子
Motif 4
Motif 7 intron
SmMKK6a 3 2 12 6 1 8 4 7 5 Motif 5
100
Motif 9
SmMKK6b 3 2 12 6 1 8 4 7 5 Motif 10
SmMKK5 3 2 6 1 8 4 7 5 5
100
SmMKK1 9 3 2 126 1 8 4 7 5 10
100
SmMKK2b 9 3 2 126 1 8 4 7 5 10
99
SmMKK2a 9 3 2 126 1 8 4 7 5 10
5' 3' 5' 3'
100 bp
0 100 200 300 400
图 4 大菱鲆 MKK 基因家族成员的系统进化树、motif 分析和外显子-内含子结构示意图
每个 SmMKKs 内含子的长度显示为相同的长度
Fig. 4 The combination of phylogenetic relationship, conserved motif and exon-intron structure
The lengths of introns in SmMKKs were displayed in the same length
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