Page 129 - 《水产学报》2023年第1期

郑卫卫，等 水产学报, 2023, 47(1): 019109

然后用 TBtools 将标准化的表达量数据 (log 2 TPM+1 ) 50 860.69 u，理论等电点介于 5.75~9.09 之间。Sm-
绘制为基因表达热图并进行相关分析。 MKK 蛋白的总平均亲水性均为负值，表明它们均
实验过程中操作人员严格遵守中国水产科学 为疏水蛋白。蛋白质不稳定性指数预测结果显示，
研究院黄海水产研究所动物实验伦理审查委员会 MKK5 和 MKK6b 为稳定性蛋白质 (cutoff < 40)，
实验动物伦理规范，并按照中国水产科学研究院 其他为非稳定性蛋白质。
黄海水产研究所动物实验伦理委员会制定的规章
2.2 系统发育分析
制度执行。
为了对 MKK 基因家族进行分类、阐明 MKK
2 结果 家族成员的进化关系，用大菱鲆、斑马鱼、青鳉
和斑点雀鳝的共 31 个 MKK 氨基酸序列构建了
2.1 大菱鲆 MKK 基因家族成员鉴定及理化性
NJ 进化树 (图 2)。根据进化树将 MKK 基因家族
质分析
成员分为 5 个亚家族，分别是 MKK1/2、MKK4、
通过 BLASTP 比对和 SMART、NCBI CDD、 MKK5、MKK6 和 MKK7。比较分析发现，属于
HMM search 结构域筛选，在大菱鲆中共鉴定出 9 同一亚家族的不同硬骨鱼的直系同源基因首先聚
个 MKK 基因，它们都具有保守的 S_TKc 结构域 为一支。另外，分析发现亚家族 MKK1/2、MKK4
(图 1)。对 SmMKK 蛋白的理化性质进行了分析 和 MKK6 中存在重复基因，其中，大菱鲆中的重
(表 1)，结果表明 SmMKK 蛋白序列长度介于 336~ 复基因分别为 SmMKK2a 和 SmMKK2b、SmMKK4a
450 个氨基酸之间，相对分子量范围为 37 540.66~ 和 SmMKK4b、SmMKK6a 和 SmMKK6b。

SmMKK5 PB1
SmMKK2b S_TKc
SmMKK1 coiled_coil_region
SmMKK7 low_complexity_region
SmMKK2a
SmMKK4b
SmMKK6a
SmMKK4a
SmMKK6b
5' 3'
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450
图 1 SMART 预测的大菱鲆 MKK 蛋白的保守结构域
Fig. 1 Conserved domain of SmMKK proteins predicted by SMART

表 1 大菱鲆 MKK 基因家族蛋白的理化性质
Tab. 1 Summary of sequence characteristics of MKK genes in S. maximus
基因名 基因长度/bp 氨基酸数目 分子量/u 等电点 不稳定指数 亚细胞定位
亚家族 染色体 平均亲水性
subfamily genes chromosome genes no. of molecular isoelectric instability gravy subcellular
name length amino acids weight point index location
MKK1/2 SmMKK1 Chr7 7 947 395 43 888.38 6.18 50.25 −0.387 细胞核
nuclear
SmMKK2a Chr13 9 724 399 44 305.89 5.99 53.01 −0.328 细胞核
nuclear
SmMKK2b Chr5 6 540 395 43 766.25 6.44 52.07 −0.333 细胞质和细胞核
cytosol and nuclear
MKK4 SmMKK4a Chr17 9 499 436 49 026.94 8.41 53.23 −0.493 细胞核
nuclear
SmMKK4b Chr16 13 837 410 46 070.90 8.45 50.57 −0.330 细胞核
nuclear
MKK5 SmMKK5 Chr4 57 946 450 50 860.69 5.75 36.54 −0.150 细胞质
cytosol
MKK6 SmMKK6a Chr16 16 272 358 39 963.95 5.96 43.80 −0.322 细胞质
cytosol
SmMKK6b Chr17 10 150 336 37 540.66 8.09 35.16 −0.173 细胞质
cytosol
MKK7 SmMKK7 Chr8 18 091 439 49 691.30 9.09 55.17 −0.490 细胞质和细胞核
cytosol and nuclear

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