Page 130 - 《水产学报》2023年第1期

郑卫卫，等 水产学报, 2023, 47(1): 019109

MKK1/2 0.063 (MKK6a-MKK6b)(表 2)，均小于 1，表明所
SmMKKs 在进化过程中都经历了纯化
有的重复
DrMKK2a SmMKK2a OlMKK2a DrMKK5 MKK5 选择。
LoMKK5
SmMKK2b
DrMKK2b
LoMKK2
SmMKK5 2.4 SmMKKs 亚细胞定位和蛋白二级结构预测
LoMKK1
DrMKK1
OlMKK5 亚细胞定位预测表明 SmMKKs 主要定位于细
OlMKK1
SmMKK1
SmMKK4a 胞质和细胞核中 (表 1)。蛋白二级结构预测结果显
OlMKK7
OlMKK4a 示，全部 氨基酸序列的二级结构都以无
SmMKK7 SmMKK
LoMKK7 DrMKK4a 规则卷曲为主 (42.63%)，其次是 α-螺旋 (41.10%)，
DrMKK7 LoMKK4a 延伸链和 β-转角分别占 12.30% 和 3.98% (表 3)。另
OlMKK6a DrMKK4b MKK4
MKK7
SmMKK6a LoMKK6a DrMKK6a OlMKK6b SmMKK6b OlMKK4b SmMKK4b 外，信号肽预测结果发现 基因家族编码的蛋白均为
SmMKKs 均不含有信号
肽，表明大菱鲆
MKK
非分泌蛋白。
MKK6
2.5 SmMKKs 基因结构和 motif 分析
图 2 大菱鲆和其他三种代表性硬骨鱼 MKK
基因家族的系统进化树 为了阐明 SmMKKs 的基因结构和进化关系，
Dr、Ol、Lo 分别代表斑马鱼、青鳉和斑点雀鳝 我们对其内含子、外显子结构和 motif 组成进行了
Fig. 2 Phylogenetic tree of MKK genes in S. maximus and 分析。基因结构分析表明，SmMKK5 含有最多的
other three representative teleost species 外显子和内含子数量，均为 22 个；其他 SmMKK
Dr. D. rerio, Ol. O. latipes, Lo. L. oculatus 基因家族成员外显子的数目在 11~13 之间，内含
2.3 SmMKKs 染色体分布和重复基因分子进 子数目在 10~12 之间 (图 4)。另外，同一亚家族中
化分析 的成员 (旁系同源基因) 具有相似的外显子-内含子
组成结构，如 MKK1/2 亚家族的 MKK1、2a、2b
通过染色体定位发现，9 个大菱鲆 MKK 家
都具有 11 个外显子 (图 4)。
族成员不均匀的分布在 7 条染色体上 (图 3)，其中，
本研究共鉴定出 12 个保守的 motif，分别命
16 和 17 号染色体上分别有 2 个 SmMKKs，4、5、 名 为 motif 1~12 (图 4)。 结 果 表 明 SmMKKs中
7、8 和 13 号染色体上各有 1 个 SmMKK。另外， motif 的数量和类型是相对保守的，motif 1、2、3、
所有的大菱鲆重复 MKK 基因对都位于不同染色 4、5、6、7、8 在所有 SmMKKs 中均存在，且都
体上，推测这些重复基因可能是由于全基因组复 按照 motif 3、2、6、1、8、4、7、5 的顺序排列。
制形成的。大菱鲆重复基因对的 Ka/Ks 值分别为 另外，比较发现相同亚家族成员具有十分相似的
0.042(MKK2a-MKK2b)、 0.10 (MKK4a-MKK4b) 和 motif 组成，这说明来自同一亚家族的成员可能具

0

5 SmMKK5 Chr14 Chr15 Chr16 SmMKK4b Chr17 Chr18 Chr19 Chr20 Chr21 Chr22

10
染色体长度/Mb length of chromosomes 15 Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 SmMKK2b Chr6 Chr7 SmMKK1 Chr8 SmMKK7 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12 Chr13 SmMKK2a SmMKK6a SmMKK6b

SmMKK4a
20
25

30

35
图 3 大菱鲆 MKK 基因的染色体分布
Fig. 3 Chromosomal distribution of S. maximus MKK genes

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