Page 40 - 《渔业研究》2026年第2期

第 2 期 吴 斌等：基于线粒体 DNA Cyt b、12S rRNA 和 D-loop 序列的铜鱼养殖群体遗传多样性分析 183

表 1 引物信息

Tab. 1 Information of primers
位点名称 引物编号 引物序列（5’→3’ ） 产物大小/bp 解链温度/℃ 参考文献
Site name Primer number Primer sequence (5’→3’ ) Product size Melting temperature References
PA44245 AAAAAGCTTCAAACTGGGATTAGATACCCCACTAT 386 60 长江水产研究所提供
12S rRNA
PA44246 TGACTGCAGAGGGTGACGGGCGGTGTGT 386 60 （未发表）
H15915 CTCCGATCTCCGGATTACAAGAC 1 500 58
Cyt b [13]
L14724 GACTTGAAAAACCACCGTTG 1 500 58
MitD1-F CACCCYTRRCTCCCAAAGCYA 1 000 60 长江水产研究所提供
D-Loop
MitD1-R GGTGCGGRKACTTGCATGTRTAA 1 000 60 （未发表）

遗传多样性参数计算：通过 DNASP 6.12 软件 的可靠性进行检验 [17-18] 。
计 算 变 异 位 点 数 （ Number of polymorphic sites， 种群历史动态分析：采用 Tajima’s D 中性检验
S） 、单倍型数（Number of haplotypes，N） 、单 和歧点分布图，对铜鱼养殖群体的历史动态进行检
倍型多样性（Haplotype diversity，Hd） 、核苷酸 测，以推断其是否经历种群扩张等历史事件 [19-21] ，
多样性（Nucleotide diversity，Pi）及平均核苷酸差 显著性水平设定为 0.01。
异数（Average number of nucleotide differences，k） 2 结果与分析
等关键遗传多样性参数 [15] 。
碱基组成与变异位点统计：利用 MEGA 11.0 2.1 DNA 提取和 PCR 扩增结果及序列特征分析
软件分析 DNA 序列的碱基组成，并统计序列中的 提取的 30 尾铜鱼个体 DNA 的 A 260 /A 28 0 比值
变异位点 [16] 。 均为 1.8 左右，表明其 DNA 污染较少，不存在蛋
系统进化树构建与检验：基于 Kimura 双参数 白质或酚等杂质污染；A 260 /A 23 0 比值均在 2.0~2.2
模 型 计 算 单 倍 型 间 的 遗 传 距 离 ； 采 用 邻 接 法 之间，表明其 DNA 碳水化合物、盐类等杂质极
（Neighbour joining，NJ）和最大似然法（Maximal 少。同时，对提取的 30 尾铜鱼个体的 DNA 进行琼
likelihood，ML）构建 D-loop 全序列单倍型系统进 脂糖凝胶电泳检测，结果显示凝胶上均呈现出清晰
化树，通过自检法（1 000 次重复）对系统进化树 的条带，表明其具有较好的 DNA 完整性（图 1） 。

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 M

19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 M

图 1 铜鱼养殖群体核酸电泳检测胶图
Fig. 1 Nucleic acid electrophoresis gel of the cultured C. heterodon population

注：1~30. 铜鱼；M. DNA 分子量标记（5 000 bp） 。
Notes: 1−30. C. heterodon；M. DNA molecular weight marker (5 000 bp).

30 尾铜鱼个体的线粒体 DNA Cyt b、12S rRNA 带（图 2） 。双向测序后的序列经过拼接，结果显示，
和 D-loop 序列均能被清晰稳定地扩增，PCR 产物经 Cyt b 和 D-loop 序列的 A+T 碱基组成比例均超过
琼脂糖凝胶电泳检测分别显示为 1 条清晰明亮的条 60%，二者表现出很强的碱基组成偏向性（表 2） 。