Page 152 - 《水产学报》2026年第04期
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4 期      陈    治，等：基于    eDNA  宏条形码与拖网调查的鱼类多样性结果比较——以浙江南部海域为例                             50 卷

              code 信息，进行文库和样本划分，去除                  barcode    选择“holm”，绘制类型选择“boxviolin”，标注类型
              序列，去除引物；按照            Qiime2 DADA2  分析流程         选择“significant”，效应大小类型选择“unbiased”。
              进行序列去噪，获得初始操作分类单元                     (OTU)；     非度量多维尺度分析          (NMDS) 则使用距离矩阵法，
              根据   OTUs 在不同样品中的分布，通过稀疏曲线                       参数选择“Bray Curtis”，相似性分析         (ANOSIM) 选
              反映测序深度是否合适，并参照阴性对照结果剔                            择“是”，样品名称选择“不展示”，椭圆                level 值选
              除  OTUs。物种注释优先使用本研究前期建立的                         择“0.95”，图片大小、字体大小、分组颜色及圆
              本底数据库，对于剩余的不确定物种则主要使用                            点大小等选择默认参数。NMDS              分析结果以胁强

              MitoFish  数 据 库  (https://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/)  系数  (stress) 作为评判标准。以上分析结果默认精
              中的   BLAST  程序完成：Task       选择   blastn，Iden-    确到小数点后       3  位，在此精度下若数值四舍五入
                                    [13]
              tity  选择≥99%(严格比对) ，Query Coverage 选择≥           为  0，则视情况调整小数点位数。
              95% per HSP，Show   选择≤10 Targets per Query。          本研究获得了海南热带海洋学院实验动物
                           −5
              在  E-value≤10 的前提下，对于         BLAST hit 最高       管理和使用伦理委员会批准              (审查编号：KJCLL-
              值<99%   的序列则结合潜在物种的历史分布纪录                   (    2026-001)，实验过程中操作人员严格遵守海南热
              《浙江海洋鱼类志》           [14]  等) 进行属、科或目水平           带海洋学院伦理规范，并按照海南热带海洋学院
              的注释；对于        BLAST hit 最高值≥99%      的序列，        伦理委员会制定的规章制度执行。
                                                  [15]
              则以第一条      (即  top hits) 结果为注释物种 。
                                                                2    结果
                   参考《浙江海洋鱼类志》            [14]  等完成拖网渔获
              的物种鉴定，同时对每种鱼类进行计数和称重                      (精
                                                                   B31  和  B54  这  2  个站位没有进行   eDNA  取样，
              确到   0.1 g)。依据   Mcnaughton [16]  物种优势度指数
                                                               剩余  33  个表层站位、21      个中层站位及       27  个底层
              (Y ) 确定优势种：Y =(n /N)×f 。式中，n 为第          i 种     站位中分别有       7、6、8  个站位没有来得及取同水
                                                  i
                                   i
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                i
                                i
              鱼类的尾数      (序列数)，N     为所有站位的总尾数          (总
                                                               层平行样    (即每个水层只采集了          1  个  eDNA  样品)，
              序列数)，f 为第      i 种鱼类在全部站位的出现频率。
                        i
                                                               因此整个调查海域的            eDNA  样品总数为      141  个
              对于多个     OTUs 共同注释同一种鱼类的，先进行
                                                               (表  1)。这  141  个  eDNA  样品全部建库成功，测序
              各  OTUs 的序列数合并       (同一站位内同一种鱼的各
                                                               后的物种稀释曲线随序列数的增加而逐渐呈平滑
              OTUs 的序列数相加)，再基于序列数之和计算该
                                                               状，说明测序深度足够，数据可用于后续分析。
              物种的优势度；对于          1  个  OTUs 注释多种鱼类的，
                                                               生物信息学处理及阴性对照过滤后共定义                    261  个
              则只计算其中       1  种鱼类的物种优势度。本研究中
                                                               鱼类  OTUs。其中淡水鱼类          OTUs 有  24  个  [ 如鳙
              取  Y >0.1  为极优势种，Y >0.01    为优势种。鱼类群
                  i                 i                          (Hypophthalmichthys  nobilis)、 中 华 鳑 鲏  (Rhodeus
              落多样性分析则主要使用             Shannon-Wiener 多样性
                                                               sinensis)、乌鳢  (Channa argus) 等  ]，热带珊瑚礁
              指数   (H') 、Pielou  均匀度指数    (J') 、Simpson  优
                                             [18]
                      [17]
                                                               鱼 类 、 深 海 鱼 类    OTUs 有  28  个  [ 哈 氏 海 猪 鱼
                          [19]
                                                    [20]
              势度指数      (C) 、Margalef 丰富度指数      (D) 。各
                                                               (Halichoeres hartzfeldii)、角蝶鱼  (Zanclus cornutus)、
              指数计算公式见对应参考文献。
                                                               线尾蜥鳗    (Saurenchelys fierasfer) 等  ]。经上述剔除
                   使用   Hiplot 云在线工具     (https://hiplot.com.cn/
                                                               后 用 于 后 续 分 析 的 本 海 域 鱼 类      OTUs 个 数 为
              cloud-tool/drawing-tool/list) 中的箱图程序等展示不
                                                               209  个。
              同变量间的差异性：检验方式选择“t 检验”，显示
                                                                   拖网调查中，B36、B39、B44、B46、B48、
              离群值选择“添加散点”，同时选择“添加误差线”，
                                                               B50  站位因水深较浅、海况较差等原因未能进行
              分面选择“数据输入顺序”，P             值展示形式选择“数
                                                               作业，其余     29  个站位都顺利采集到鱼类样品。
              值”；使用线性回归散点图程序初步分析                   eDNA  与
                                                                2.1    采样水层对鱼类     OTUs 个数/组成的影响
              拖网在同一指标上是否存在线性关系，对于具有
              显著统计学意义的数据            (P<0.05)，则进一步使用                不同水层间的鱼类         OTUs 个数差异较小，以
              线性回归分析程序进行拟合；使用                  Withinstats 程   进行了表层、中层、底层采样的                21  个站位为分
              序展示配对组间差异，根据数据量多少调整页面                            析对象：表层、中层、底层站位的鱼类                   OTUs 个
              大小，统计期望选择“parametric”，P           值校正方法          数  (均值) 分别为     47.619、45.143、42.426  个，虽
              中国水产学会主办  sponsored by China Society of Fisheries                          https://www.china-fishery.cn
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