Page 148 - 《水产学报》2026年第01期

1 期 水 产 学 报 50 卷

表 1 本研究使用的引物序列 (RDA) 探究底质理化指标和底质细菌群落之间的
Tab. 1 Primer sequences used in this study 相关性。用“FAPROTAX”程序包预测底质细菌群
[40]
基因 引物序列(5′-3′) 参考文献 落的功能潜力 。对于 qPCR 结果，采用 Kruskal-
genes primer sequences (5′-3′) references Wallis 检验分析 N 循环和 S 循环功能基因的绝对
nifH F: 5′-AAAGGYGGWATCGGYAARTCCACCAC-3′ [22]
拷贝数，以 P<0.05 表示组间差异显著，并采用
R: 5′-TGSGCYTTGTCYTCRCGGATBGGCAT-3′
ggplot2 包进行可视化。所有数据分析都在 R 软件
amoB F: 5′-TGGTAYGACATKAWATGG-3′ [23]
(v4.3.2)中完成 (http://www.r-project.org)。
R: 5′-RCGSGGCARGAACATSGG-3′
nxrA F: 5′-CAGACCGACGTGTGCGAAAG-3′ [24] 2 结果
R: 5′-TCCACAAGGAACGGAAGGTC-3′
narG F: 5′-TAYGTSGGGCAGGARAAACTG-3′ [25] 2.1 三疣梭子蟹养殖过程中底质和梭子蟹的表
R: 5′-CGTAGAAGAAGCTGGTGCTGT-3′
观特征及存活率变化
nirK1 F: 5′-GGMATGGTKCCSTGGCA-3′ [26]
经 28 d 的梭子蟹养殖，底质颜色由初始的灰
R: 5′-GCCTCGATCAGRTTRTGGTT-3′
褐色转变为深黑褐色，并伴有刺激性气味产生
nirK2 F: 5′-ATGGCGCCATCATGGTNYTNCC-3′ [27]
(图 1-a)。梭子蟹的甲壳颜色由青灰色转变为黄褐
R: 5′-TCGAAGGCCTCGATNARRTTRTG-3′
色，且在甲壳和螯足表面出现分布不均的黑褐色
nirK3 F: 5′-TGCACATCGCCAACGGNATGTWYGG-3′
斑点，这些斑点边缘清晰、中心凹陷，符合典型
R:5′-GGCGCGGAAGATGSHRTGRTCNAC-3′
[41]
的甲壳溃疡病症状 。同时梭子蟹的活动和摄食
nirS1 F: 5′-GTSAACGTSAAGGARACSGG-3′ [28]
量减少，部分个体甚至出现附肢脱落的现象。梭
R:5′-GASTTCGGRTGSGTCTTGA-3′
nirS2 F: 5′-ATCGTCAACGTCAARGARACVGG-3′ [27] 子蟹的存活率随着养殖时间的延长大幅下降，存
R:5′-TTCGGGTGCGTCTTSABGAASAG-3′ 活率的下降主要发生在养殖前 8 天和后 12 天，最
nirS3 F: 5′-TGGAGAACGCCGGNCARGTNTGG-3′ 终降至 38.1%(图 1-b)。
R: 5′-GATGATGTCCACGGCNACRTANGG-3′
2.2 底质的理化指标变化
nosZ1 F: 5′-CGCRACGGCAASAAGGTSMSSGT-3′ [29]
底质的温度、pH 和 DO 含量整体呈下降趋
R: 5′-CAKRTGCAKSGCRTGGCAGAA-3′
势 (图 2-a~c)，而 NH -N、NH 和 3 − 含量呈
+
2
nosZ2 F: 5′-CGYTGTTCMTCGACAGCCAG-3′ [30] 4 NO -N
3
R: 5′-CGSACCTTSTTGCCSTYGCG-3′ 现先升高后降低的趋势。其中，NH -N + 和 NH 含
4
napA F: 5′-CCVAAYGCCTGYGGYGGYGT-3′ [31] 量在 14 d 时达到峰值，分别为 0.47 和 0.03 mg/L
R: 5′-CCGGTRTGCCAGTGMKCRA-3′ (图 2-d~e)，而 NO -N − 含量在 21 d 时达到最高值
2
gdhA F: 5′-GCCATCGGYCCWTACAAGGG-3′ [32] (图 2-f)。此外，底质的 NO -N − 和 H S 2 含量均随
3
R: 5′-ATGTCRCCNGCCGGAACGTC-3′ 养殖时间的延长显著上升 (P<0.05)，至 28 d 时分
dsrA F: 5′-ACSCACTGGAAGCACG-3′ [33] 别达到 2.51 和 0.20 mg/L(图 2-g~h)。综合上述结
R: 5′-GGTGGAGCCGTGCATGTT-3′ 果，可以判断养殖底质已发生了恶化。
dsrB F: 5′-CAACATCGTYCAYACCCAGGG-3′ [34]
2.3 三疣梭子蟹养殖过程中底质细菌群落结构
R: 5′-GTGTAGCAGTTACCGCA-3′
变化
aprA F: 5′-TGGCAGATCATGATYMAYGG-3′ [35]
R: 5′-GCGCCAACYGGRCCRTA-3′ 在 梭 子 蟹 养 殖 过 程 中 ， 底 质 细 菌 群 落 的
aprB F: 5′-CATGTACATCTGCCCCAACG-3′ [36] Shannon 指数呈现先上升后下降的变化趋势，并
R: 5′-TGGGGAACTTGAAACGCTTG-3′ 在第 7 天达到峰值，到第 28 天已基本恢复到初始
16S F: 5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3′ [37] 水平 (图 3-a)。在 β 多样性上，基于加权距离 Bray-
rRNA
R: 5′-CCGTCAATTCMTTTRAGTTT-3′ Curtis 距离构建的 图显示，细菌群落在底质
gene PCoA
恶化过程中发生了明显的动态变化 (图 3-b)。整体
Curtis 相似性距离矩阵的主坐标分析 (PCoA) 可视 来看，群落结构在暂养初期变化较大，随后变化
化 组 间 的 底 质 细 菌 群 落 差 异 。 利 用 冗 余 分 析 减缓，7 和 14 d 样本表现出一定程度的重叠，与

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