Page 52 - 《水产学报》2025年第11期

胡利，等 水产学报, 2025, 49(11): 119105

家族基因的 ID 和位置信息。使用 Tbtools 软件 1.3 数据分析
生成染色体分布图，从而可视化了基因在染色
本研究中所有实验均设置 3 个样品重复,
体上的分布情况。
实验数据采用平均值±标准差 (mean±SD) 表示。
表达矩阵及热图构建 为了构建 Cgchit-
本研究所获得的实验数据均采用 IBM SPSS 24.0
inase 家族基因的表达矩阵，本研究采用公开数
软件进行单因素方差分析 (One-Way ANOVA)
据库 (GEO Series，GSE31012) 中的长牡蛎幼虫
和多重比较。显著性水平设为 0.05。采用 Graph-
各发育时期转录组数据、成体长牡蛎各组织转
Pad Prism 8 软件绘制统计图表。
录组数据，以及本实验室获得的经酸化处理的
成体长牡蛎外套膜组织转录组数据。将数据集 2 结果
分别进行均一化处理后，使用 R 语言中“Com-
plexHeatmap”包分别构建基因表达量热图。 2.1 Cgchitinase 家族基因的分子特征及染色体
原位杂交 对长牡蛎外套膜组织进行固 分布
定和石蜡包埋，确保组织形态良好后用切片机
从长牡蛎基因组中鉴定到 11 个 chitinase 家
(Leica，德国) 进行切片，保存于−20°C 冰箱。
族基因。对 Cgchitinase 家族蛋白进行理化特征
设计长度为 500 bp 的 RNA 探针，克隆后导入
分析，结果显示，Cgchitinase 家族基因的开放
pGEM-T 载体 (Promega，美国)，用 Nde Ⅰ 酶对
质粒进行单酶切后进行测序验证。测序成功后 阅读框 (ORF) 长度为 1 125~7 164，编码的蛋白
对单酶切产物进行提取，利用 MEGAscript™ 序列长度为 471~2 387 个氨基酸，预测的蛋白
T7 试剂盒 (Thermo Fisher，美国) 合成 RNA 探 分 子 质 量 为 42.93~262.12 ku， 理 论 等 电 点 为
针。预处理切片后进行预杂交和杂交实验。杂 3.831~4.346 (表 2)。
交时，将探针稀释至 1 ng/µL，变性后与预杂交 染色体定位发现，Cgchitinase 家族基因的
液混合，37 ℃ 条件下杂交 20 h。使用 Roche 11 个成员分布在 4 条染色体上。其中 2、5 和 6
DIG Nucleic Acid Detection Kit (Roche，瑞士)， 号染色体上各有 1 个几丁质酶家族基因，分别
将组织切片封闭后使用抗体在室温下孵育 30 min 为 LOC105338914、 LOC105347316、 LOC105-
后进行摇洗。将组织切片滴加显色平衡液后， 348542。7 号染色体上有 8 个几丁质酶家族基
避光显色 30~120 min，显色完成后再次摇洗切 因，为 LOC105328391、LOC105331572、LOC1053-
片，用甘油-PBS 溶液封片。在显微镜下观察并 31571、LOC105331570、LOC105332622、LOC1053-
拍照记录结果。 32578、LOC105332577 和 LOC105332575 (图 1)。

表 2 Cgchitinase 家族的蛋白理化性质
Tab. 2 Summary of sequence characteristics of Cgchitinase family genes
氨基酸数目/个 蛋白分子质量/ku
基因名称 简写 基因ID 开放阅读框长度/bp no. of amino molecular 理论等电点 染色体/号
gene name acronym gene ID ORF length compute pI chromosome
acid weight
uncharacterized LOC105332578 7 164 2 387 262.12 3.831 7
acidic mammalian chitinase-1 amcase-1 LOC105332622 2 229 742 83.61 4.038 7
chitotriosidase-1-like chit1l LOC105331571 1 668 555 61.82 4.085 7
di-N-acetylchitobiase-1 ctbs-1 LOC105347316 1 350 449 51.37 4.156 5
di-N-acetylchitobiase-2 ctbs-2 LOC105348542 1 125 374 42.93 4.186 6
acidic mammalian chitinase-2 amase-2 LOC105331570 2 244 747 84.73 4.005 7
chitinase-3-like protein 1-1 chi3l1-1 LOC105338914 1 494 497 56.52 4.174 2
chitotriosidase-1 chit1 LOC105331572 2 217 738 79.47 3.95 7
chitinase-3-like protein 1-2 chi3l1-2 LOC105328391 1 416 471 50.94 4.346 7
putative Chitinase pchi LOC105332575 1 416 471 53.93 4.281 7
putative Chitinase-1 pchi1 LOC105332577 1 428 475 53.80 4.228 7

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