Page 47 - 《水产学报》2025年第6期
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金鲟,等                                                                  水产学报, 2025, 49(6): 069604

              含量超过整条长度的百分之十,就对此双端测                             用  EMMAX   混合线性模型        [64]  结合  VCF  文件,
              序结果进行舍弃;④当单端测序                 reads 中的一端        对黄姑鱼低温胁迫下的存活时间进行全基因组
              含有的低质量碱基数超过该               reads 长度的百分之          关联分析。混合线性模型:
              五十,也需要舍弃该双端测序                reads。最后得到              y= μX + aG + e
              高质量读序       (clean reads) 用于后续分析。                式中,y 为黄姑鱼耐低温时长表型值;μ                  为固定

              1.3    SNP  变异检测                                 效应向量,X      为固定效应关系矩阵;a            为随机加
                                                               性遗传方差的参数,G           为基于    SNP  得到的关系
                   以黄姑鱼基因组序列          (NCBI 登录号:GCA_
                                                               矩阵;e 为剩余效应的向量。
              014281875.1) [57]  为参考基因组,对比得到的         clean
                                                                   GWAS   结果、Quantile-Quantile(Q-Q) 图和
              reads,进行变异检测。用           Burrows-Wheeler Ali-
                                                               曼哈顿图用      R  中的  CMplot 包绘制。

              gner  (BWA, 版 本 : bwa-0.7.10)  [58]  进 行 比 对 ;
                                                               1.5    候选基因筛选及功能注释
              用  Samtools (v0.1.19) [59]  和  Picard (v1.117)进行排
              序和去重复;使用          Samtools 中的   flagstat程序和          获得显著位点后,利用已发表的黄姑鱼基因
              coverage 程序计算映射率和覆盖率;使用                 Gen-     注释信息    (NCBI 登录号:GCA_014281875.>1) ,
                                                                                                        [57]
              ome  Analysis  Toolkit  (GATK: v4.2.0.0) [60]  的  在显著位点上下游         50 kb  区域内进行扫描,筛
              HaplotyperCaller 进 行  SNPs 变 异 检 测 , Geno-       选潜在候选基因。同时用              LDBlockShow 进行
                                                                                                    [65]
              typeGVCFs 进 行 群 体 变 异 检 测 ; 使 用        Select-   LDblock  热 图 的 绘 制 , 再 利 用    ShowLDSVG将
              Variants 进行  SNPs 位点的提取,使用          VarianFil-   LDblock  热图与   GWAS  曼哈顿图合并,可视化
              teration  进行  SNPs 的过滤,获得      VCF  文件用于         显著位点。随后通过           Uniprot 数据库    (www.uni-
              后续分析。                                            prot.org) 和文献检索确定注释基因的生物学功

                                                               能,筛选与耐低温相关的候选功能基因。
              1.4    性状统计与全基因组关联分析
                   使用   SPSS  软件  [61]  对生长性状进行描述性             2    结果
              统计分析,计算各性状的平均值、标准差、偏
              度和峰度,进行单样本            K-S  检验及相关性分析,             2.1    表型性状的分布及相关性
              并对雌、雄黄姑鱼低温胁迫下的存活时间(耐低                                黄姑鱼群体的生长表型性状分析结果显示,
              温时长) 进行      Mann-Whitney U  检验,判断性别             200  尾实验黄姑鱼的平均体重、全长、体长和
              与耐低温时长的关系。                                       体高分别为     (124.66 ± 15.77) g、(20.90 ± 0.96) cm、
                   在进行    GWAS   分析前,为了方便判断群体                  (17.98 ± 0.83) cm  和  (5.55 ± 0.34) cm (表  1)。K-S  检
              内部的分层情况,将低温胁迫下的存活时间                       (耐     验结果显示,体重、体长和体高符合正态分布。
              低温时长) 按照从小到大排序,将生存时间按                                为进一步探究生长性状对耐低温                 GWAS   分
              照  0~66 h、68~74 h  以及  74 h  以上,分为     3  个不     析的潜在影响,分析了耐低温与生长性状之间
              同的群体      D、Z、G。同时采用           PLINK(v1.9) [62]  的相关性。结果显示,体重               (R Pearson =0.044,P=
              对得到的      VCF  文件进行连锁不平衡          (LD) 过滤,       0.532)、全长    (R Spearman =0.095,P=0.182)、体长
              得到的文件用        GCTA(v1.93) [63]  进行  PCA  分析。     (R Pearson =0.127,P=0.073) 和体高  (R Pearson =−0.176,
                   根据低温胁迫下的存活时间统计结果,使                          P=0.013) 与耐低温相关性绝对值均低于               0.2,且

                                                 表 1    黄姑鱼的生长性状分析
                                          Tab. 1    Analysis of growth traits in N. albiflora
                      参数          最小值      最大值      均值     标准差       偏度       峰度         单样本 K-S 检验 P 值
                      index        max      min     mean     SD     skewness  kurtosis  P-value of one-sample K-S test
                体重/g overall weight  90.10  168.00  124.66  15.77     0.23    0.02            0.061
                全长/cm total length  17.71   23.17   20.90    0.96    −0.59    0.43            0.002
                体长/cm body length  15.55    19.85   17.98    0.83    −0.37    0.36            0.200
                体高/cm body height   4.38     6.50    5.55    0.34     0.18    0.39            0.200

              中国水产学会主办  sponsored by China Society of Fisheries                          https://www.china-fishery.cn
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