Page 47 - 《水产学报》2025年第6期
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金鲟,等 水产学报, 2025, 49(6): 069604
含量超过整条长度的百分之十,就对此双端测 用 EMMAX 混合线性模型 [64] 结合 VCF 文件,
序结果进行舍弃;④当单端测序 reads 中的一端 对黄姑鱼低温胁迫下的存活时间进行全基因组
含有的低质量碱基数超过该 reads 长度的百分之 关联分析。混合线性模型:
五十,也需要舍弃该双端测序 reads。最后得到 y= μX + aG + e
高质量读序 (clean reads) 用于后续分析。 式中,y 为黄姑鱼耐低温时长表型值;μ 为固定
1.3 SNP 变异检测 效应向量,X 为固定效应关系矩阵;a 为随机加
性遗传方差的参数,G 为基于 SNP 得到的关系
以黄姑鱼基因组序列 (NCBI 登录号:GCA_
矩阵;e 为剩余效应的向量。
014281875.1) [57] 为参考基因组,对比得到的 clean
GWAS 结果、Quantile-Quantile(Q-Q) 图和
reads,进行变异检测。用 Burrows-Wheeler Ali-
曼哈顿图用 R 中的 CMplot 包绘制。
gner (BWA, 版 本 : bwa-0.7.10) [58] 进 行 比 对 ;
1.5 候选基因筛选及功能注释
用 Samtools (v0.1.19) [59] 和 Picard (v1.117)进行排
序和去重复;使用 Samtools 中的 flagstat程序和 获得显著位点后,利用已发表的黄姑鱼基因
coverage 程序计算映射率和覆盖率;使用 Gen- 注释信息 (NCBI 登录号:GCA_014281875.>1) ,
[57]
ome Analysis Toolkit (GATK: v4.2.0.0) [60] 的 在显著位点上下游 50 kb 区域内进行扫描,筛
HaplotyperCaller 进 行 SNPs 变 异 检 测 , Geno- 选潜在候选基因。同时用 LDBlockShow 进行
[65]
typeGVCFs 进 行 群 体 变 异 检 测 ; 使 用 Select- LDblock 热 图 的 绘 制 , 再 利 用 ShowLDSVG将
Variants 进行 SNPs 位点的提取,使用 VarianFil- LDblock 热图与 GWAS 曼哈顿图合并,可视化
teration 进行 SNPs 的过滤,获得 VCF 文件用于 显著位点。随后通过 Uniprot 数据库 (www.uni-
后续分析。 prot.org) 和文献检索确定注释基因的生物学功
能,筛选与耐低温相关的候选功能基因。
1.4 性状统计与全基因组关联分析
使用 SPSS 软件 [61] 对生长性状进行描述性 2 结果
统计分析,计算各性状的平均值、标准差、偏
度和峰度,进行单样本 K-S 检验及相关性分析, 2.1 表型性状的分布及相关性
并对雌、雄黄姑鱼低温胁迫下的存活时间(耐低 黄姑鱼群体的生长表型性状分析结果显示,
温时长) 进行 Mann-Whitney U 检验,判断性别 200 尾实验黄姑鱼的平均体重、全长、体长和
与耐低温时长的关系。 体高分别为 (124.66 ± 15.77) g、(20.90 ± 0.96) cm、
在进行 GWAS 分析前,为了方便判断群体 (17.98 ± 0.83) cm 和 (5.55 ± 0.34) cm (表 1)。K-S 检
内部的分层情况,将低温胁迫下的存活时间 (耐 验结果显示,体重、体长和体高符合正态分布。
低温时长) 按照从小到大排序,将生存时间按 为进一步探究生长性状对耐低温 GWAS 分
照 0~66 h、68~74 h 以及 74 h 以上,分为 3 个不 析的潜在影响,分析了耐低温与生长性状之间
同的群体 D、Z、G。同时采用 PLINK(v1.9) [62] 的相关性。结果显示,体重 (R Pearson =0.044,P=
对得到的 VCF 文件进行连锁不平衡 (LD) 过滤, 0.532)、全长 (R Spearman =0.095,P=0.182)、体长
得到的文件用 GCTA(v1.93) [63] 进行 PCA 分析。 (R Pearson =0.127,P=0.073) 和体高 (R Pearson =−0.176,
根据低温胁迫下的存活时间统计结果,使 P=0.013) 与耐低温相关性绝对值均低于 0.2,且
表 1 黄姑鱼的生长性状分析
Tab. 1 Analysis of growth traits in N. albiflora
参数 最小值 最大值 均值 标准差 偏度 峰度 单样本 K-S 检验 P 值
index max min mean SD skewness kurtosis P-value of one-sample K-S test
体重/g overall weight 90.10 168.00 124.66 15.77 0.23 0.02 0.061
全长/cm total length 17.71 23.17 20.90 0.96 −0.59 0.43 0.002
体长/cm body length 15.55 19.85 17.98 0.83 −0.37 0.36 0.200
体高/cm body height 4.38 6.50 5.55 0.34 0.18 0.39 0.200
中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries https://www.china-fishery.cn
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