Page 80 - 《水产学报》2025年第11期

杨磊，等 水产学报, 2025, 49(11): 119607

表 3 金钱鱼肝脏、鳃组织样本与参考基因组比对情况统计
Tab. 3 Statistics of comparison between liver and gill tissue samples of S. argus and reference genome
样本 总读数 总比对数(占比) 单一位点比对数(占比) 多位点比对数(占比)
sample total_read total no. (ratio) unique no. (ratio) multi no. (ratio)
A1gi 对照组鳃1 40 470 200 34 426 379 (85.07%) 33 652 059 (83.15%) 774 320 (1.91%)
A2gi 对照组鳃2 41 658 892 35 655 264 (85.59%) 34 806 724 (83.55%) 848 540 (2.04%)
A3gi对照组鳃3 49 767 678 41 201 567 (82.79%) 40 259 827 (80.90%) 941 740 (1.89%)
A4li 对照组肝4 51 438 986 43 113 426 (83.81%) 42 135 130 (81.91%) 978 296 (1.90%)
A5li 对照组肝5 39 546 846 35 381 332 (89.47%) 34 350 905 (86.86%) 1 030 427 (2.61%)
A6li 对照组肝6 43 292 762 38 187 133 (88.21%) 36 792 529 (84.99%) 1 394 604 (3.22%)
B1gi 碱胁迫组鳃1 45 252 904 31 784 960 (70.24%) 31 129 534 (68.79%) 655 426 (1.45%)
B2gi 碱胁迫组鳃2 41 537 668 33 812 775 (81.4%) 33 096 207 (79.68%) 716 568 (1.73%)
B3gi 碱胁迫组鳃3 41 775 430 34 680 054 (83.02%) 33 906 463 (81.16%) 773 591 (1.85%)
B4li 碱胁迫组肝4 41 203 806 31 576 805 (76.64%) 30 771 310 (74.68%) 805 495 (1.95%)
B5li 碱胁迫组肝5 38 302 894 29 399 411 (76.76%) 28 665 290 (74.84%) 734 121 (1.92%)
B6li 碱胁迫组肝6 41 784 840 36 797 330 (88.06%) 35 703 124 (85.45%) 1 094 206 (2.62%)
较了金钱鱼在碱胁迫组 (30 mmol/L 碱度，持续 2.5 GO 富集分析
9 h) 与对照组下的基因表达变化。碱胁迫下， 对差异表达基因进行 GO 功能富集分析，
肝脏组织共识别出 270 个 DEGs，其中 190 个基 肝脏组织 GO 富集共富集到 390 个 GO 条目，

因表达上调，80 个基因表达下调；鳃组织中共 涉及 3 个方面：生物学过程 (BP)、分子功能
发现 114 个 DEGs，其中 39 个上调，75 个下调 (MF) 和细胞组分 (CC)，其中 BP 176 个、MF
(图 1-a)。由韦恩图可知，肝脏和鳃组织共有 5 177 个、CC 37 个。生物学过程主要涉及代谢过
个差异表达基因 (图 1-b)。表 4 列出了碱胁迫肝 程、氧化还原以及离子转运过程等，分子功能
脏和鳃组织表达差异最显著的前 10 个上调和下 涉及催化活性和信号转导活性等 (图 2)。鳃组
调基因。 织 GO 共富集到 176 个 GO 条目，其中 BP 68 个、

碱胁迫组 肝脏 vs. 对照组 肝脏 碱胁迫组 ೕ vs. 对照组 鳃
200 190 AL_LI vs. C_LI AL_GI vs. C_GI
上调基因`up DEGs
差异表达基因数目/个 no. of DEGs 100 80 75 265 5 109
下调基因`down DEGs
150

50

0 39
1 2
组别
group
(a) (b)
图 1 急性碱胁迫下金钱鱼肝脏、鳃组织差异表达基因分析
(a) 差异表达基因数目，1. AL_LI vs. C_LI 组，2. AL_GI vs. C_GI 组；(b) 差异表达基因维恩图，紫色表示只在 AL_LI vs. C_LI 组中表达的差
异基因，黄色表示只在 AL_GI vs. C_GI 中表达的差异基因，橙色表示共表达差异基因。
Fig. 1 Differential gene statistics of liver and gill tissues of S. argus under acute alkaline stress
(a) the number of differentially expressed genes, 1. AL_LI vs. C_LI group, 2. AL_GI vs. C_GI group; (b) Venn diagram of DEGs, purple represents
DEGs only expressed in AL_LI vs. C_LI group, yellow represents DEGs only expressed in AL_GI vs. C_GI, and orange represents co-expressed DEGs.

https://www.china-fishery.cn 中国水产学会主办 sponsored by China Society of Fisheries
6