Page 40 - 《水产学报》2025年第11期
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王海山，等                                                                水产学报, 2025, 49(11): 119104

              Quintero-Galvis 等 通过整合蜒螺科          57  个物种       (Kimura 2-parameter) 模型计算物种之间的遗传
                               [8]
              线粒体基因组        COX1  和  16S rRNA  区域进行了系          距离，并用      Astral-Pro [24]  软件进行多基因并联分
                                    [9]
              统发育重建。张晓洁等 在               2018  年研究了中国          析，构建进化树。
              沿 海 常 见 蜒 螺 科 贝 类 的      DNA  条 形 码 ， 发 现
                                                                1.3    系统发育分析
              COX1  和  16S rRNA  可作为    DNA  条形码标准基
                                                                   利用   PhyloSuite [21]  软件提取  13  个蛋白质编
              因，用于蜒螺科的种间鉴定。蜒螺科分类系统，
                                                               码基因，使用        MAFFT  进行多重序列比对，使
                                                        [9]
              包括其中种属的界限及确立尚未提出统一的观点 。
                                                               用  Gblocks 进行保守区域选择及优化串联，基
                   随着测序技术的快速发展，线粒体基因组
                                                               于  ModelFinder 确定最合适的建树模型，通过
              已被广泛用于重建不同海洋生物的系统发育关
              系  [10-12] 。很多学者开始基于线粒体基因组全序                     IQ-TREE  与  MrBayes 使用最大似然        (ML) 法及
                                                               贝叶斯    (BI) 法构建进化树。
              列来对不同物种进行测定，继而更加精准地探
              究系统发育和进化关系             [13-17] 。目前，大范围地           2    结果
              对蜒螺线粒体基因组全序列数据和系统进化分
              析方面研究较少。因此，本研究对目前已公布
                                                                2.1    线粒体基因组结构
              的蜒螺科     27  种蜒螺线粒体基因组全序列进行研
                                                                   本研究涉及的线粒体基因组均为双链闭合
              究，为进一步研究蜒螺科贝类起源等相关的后
                                                               环状  DNA  分子结构，包含         37  个基因，即     13  个
              续研究提供理论依据和参考价值。
                                                               蛋白质编码基因         (COX1、COX2、COX3、ND1、
               1    材料与方法                                      ND2、ND3、ND4、ND5、ND6、ND4L、ATP6、
                                                               ATP8  和  CYTB)， 2  个 核 糖 体   rRNA  基 因  (12S
               1.1    线粒体基因组数据来源
                                                               rRNA  和  16S rRNA)，22  个转运    RNA (tRNA) 基
                   本研究获得了海南热带海洋学院实验动物                          因，以及     1  个非编码控制区        D-loop。控制区位
              管理和使用伦理委员会批准                (审批号：KJCLL-          于  COX3  和  trnE  基因之间   (图  1)，各物种之间
              2025-020)，实验过程中操作人员严格遵守海南                        不存在基因重排。
              热带海洋学院伦理规范，并按照海南热带海洋
                                                                2.2    线粒体基因组碱基信息
              学院伦理委员会制定的规章制度执行。
                                                                   27  个物种的线粒体基因组长度为                15 261~
                   从  NCBI 数据库中下载已公布的蜒螺超科
                                                               15 975 bp，最长的是小皇冠彩螺，最短的是玄
              (Neritoidea) 线粒体基因组全序列，经人工校验
                                                               武蜒螺。碱基组成具有明显的高                 AT  含量特征，
              后选择    28  个物种的线粒体基因组全序列进行分
                                                               含量均值     64.3%，最高的是紫游螺          (66.3%)，最
              析，其中蜒螺科          7  属  27  种、扁冒螺科      (Phen-
                                                               低的是虚线蜒螺        (61.5%)。对   A、T、G、C     各碱
              acolepadidae) 1  属  1  种  (作为外群)，其属名、种
                                                               基组成进行比较发现，碱基               T  的含量均高于碱
              名、序列登录号和长度信息见表                 1。
                                                               基  A，AT   偏移为    0.044~0.103；碱基    G  的含量
               1.2    数据分析
                                                               均高于碱基      C  的含量，GC     偏移为    0.119~0.244。
                   使 用  BLAST  Ring  Image  Generater  (BRIG)  线 粒 体 全 基 因 组 中 各 碱 基 含 量 平 均 情 况 为
              在 线 绘 制 线 粒 体 基 因 组 对 比 环 形 图 ， 使 用              T>A>G>C，遵循      A+T>G+C   的规律   (表  2)。
              PhyloSuite [21]  软件统计线粒体基因组全序列和                      长度最短的蛋白质编码基因是                 ATP8  基因
              13  种蛋白质编码基因          (PCGs) 的碱基组成和密             (165 bp)，最长的基因是         ND5  基因   (1 714 bp)。
              码子组成，提取         28  种蜒螺线粒体基因组全序列                 13  个蛋白质编码基因串联总长度为                   11 268~
              的  13  个蛋白质编码基因串联用于分析。使用                         11 505 bp，串联总长度最短的是齿纹蜒螺，占
              DNA SP5  [22]  软件对串联好的蛋白质编码基因进                   其总长的     71.6%；最长的为光荣蜒螺，占其总
              行非同义替换率         (Ka) 和同义替换率      (Ks) 的计算，       长的  73.1%。对    13  个蛋白质编码基因的碱基组
              统 计 每 个 基 因 的 进 化 关 系 和 选 择 压 力 ， 即              成进行分析。蛋白质编码基因与整个线粒体基
              Ka/Ks 值 ， 并 使 用    MEGA  11 [23]  软 件 基 于  K2P   因组具有相同的碱基偏差，表现出较高的                       AT

              https://www.china-fishery.cn                           中国水产学会主办    sponsored by China Society of Fisheries
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